RDKit安裝和使用

寫在前面的話

Rdkit 是幹個什麼呢，RDkit 是一款開源化學信息學與機器學習工具包，提供C++ 和python 的API 接口。

爲什麼要玩這個呢，你猜猜～

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不正經的正文

具體地安裝的方式都在這裏https://github.com/rdkit/rdkit/blob/master/Docs/Book/Install.md

英文OK的話就直接安裝吧，一路暢到底。

安裝RDKit 的時候可以使用Conda 安裝

$ conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit

之後你要激活它纔可以使用

激活的方法：

$ conda activate my-rdkit-env

如果不行的話就用下面的幾招解決：

    $ echo ". /home/chicho/tools/miniconda2/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc

or, for all users, enable conda with

    $ sudo ln -s /home/chicho/tools/miniconda2/etc/profile.d/conda.sh /etc/profile.d/conda.sh

The options above will permanently enable the 'conda' command, but they do NOT
put conda's base (root) environment on PATH.  To do so, run

    $ conda activate

in your terminal, or to put the base environment on PATH permanently, run

    $ echo "conda activate" >> ~/.bashrc

Previous to conda 4.4, the recommended way to activate conda was to modify PATH in
your ~/.bashrc file.  You should manually remove the line that looks like

    export PATH="/home/chicho/tools/miniconda2/bin:$PATH"

當然了，還有官方的解決辦法

$ cd [anaconda folder]/bin
$ source activate my-rdkit-env

激活還是沒有激活成功，這個時候我們可以看終端，終端是下面這個樣子的，就是表示我們已經成功激活成功了

這個時候我們可以測試一下我們的這個工具
都說了是化學工具，我們就來畫個圖：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
smi = 'CCCc1nn(C)c2C(=O)NC(=Nc12)c3cc(ccc3OCC)S(=O)(=O)N4CCN(C)CC4'
m = Chem.MolFromSmiles(smi)
Draw.MolToImageFile(m,"mol.jpg")

這樣我們就可以在當前的文件夾下找到我們一個圖片就是mol.jpg

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寫在後面的話

各位帥哥美女，行行好吧，行行好吧，愛護一個可愛的我～～～

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