域名別名(CNAME)並非簡單的將一個域名的A記錄轉換成另一個域名的A記錄。實際上域名別名(CNAME)，是將一個域名的所有記錄(A,MX等)都轉向另外的域名。所以，對一個域名設置了別名記錄，再給它設置其它的記錄，是違反DNS協議的。
例如：對域名”one.com”設置別名(CNAME)讓它指向”two.com”。此時不能再給”one.com”設置郵件交換(MX)記錄，這樣做 是違反DNS協議的（這種錯誤在DNS配置中很常見）。如果將郵件發往”[email protected]”，郵件客戶端將查詢”one.com”的郵件交換 (MX)記錄，將取得”one.com”的別名(CNAME)記錄”two.com”，之後又向DNS查詢”two.com”的郵件交換(MX)記錄，成 功取得”two.com”的郵件服務器後，郵件將被髮向該郵件服務器，如果該郵件服務器沒有設置接受”[email protected]”的郵件，那麼郵件就會被 退回。需要特別注意的是，並非所有的郵件客戶端都能理解域名別名(CNAME)，完成上述過程。即使所有設置都無誤，有的郵件客戶端也會發送失敗。因此， 最好不要對你的根域直接設置別名(CNAME)，郵件交換(MX)記錄值最好不是別名(CNAME)。
如上述過程，域名別名(CNAME)會帶來再次的DNS查詢，會造成延時，會帶來額外的網絡帶寬消耗。因此，除非必要，否則最好不要使用別名(CNAME)，大多數情況下並不需要設置別名(CNAME)，可以直接設置成A記錄。