imagej 基本操作

imagej菜單欄列出了ImageJ的所有命令，它包含八個菜單：

• File：基本的文件操作，包括打開、保存、創建新圖片，大多數命令看名字就知道什麼意思

• Edit：編輯和繪製操作，以及全局設定
• Image：圖像顯示，包括圖像格式的轉化、怎樣顯示等
• Process：圖像處理，包括點操作、過濾器和算術運算
• Analyze：圖像分析，統計測量、直方圖繪製和其他與圖像分析有關的操作
• Plugins：創建、編輯和管理插件，列出了用戶安裝的所有宏、腳本和插件。
• Window：已打開的窗口的選擇和管理
• Help：升級，文檔資源和版本信息

File菜單

New新建

可以新建的東西有很多：

• Image：可以指定圖片的標題、類型、尺寸、初始填充。且如果Slices大於1，則創建了一個stack
• Hyperstack：與Image-Hyperstacks-New Hyperstack相同
• Text Window：創建一個編寫宏的文本窗口
• Internal Clipboard：打開ImageJ內部剪貼板中的內容
• System Clipboard：打開系統剪貼板中的內容
• TrakEM2：Fiji中還加入了編寫TrakEM2程序
• Script：Fiji中還加入了新建腳本。

Open打開

可以打開的東西也有很多：

• 常見圖片，後綴有TIFF、GIF、JPEG、DICOM、BMP、PGM和FITS格式。也可以通過插件打開額外的後綴的圖片
• ImageJ和NIH的圖片查詢表，後綴是.lut
• 以製表符分割的表格，後綴是.xls和.csv
• 選區，後綴是.roi和.zip
• 文本文件，後綴是.txt、.ijm、.js和.java
• 其他

Open Next打開下一個

關閉當前圖片，打開目錄中的下一個圖片（如果有的話）。按住Alt打開目錄中的前一個圖片（如果有的話）。

Open Samples打開樣例

打開ImageJ服務器上的樣例圖片，可以用來測試宏、腳本、插件等。

Open Recent打開最近文件

子菜單會顯示最近15個打開的文件，可以選擇其中一個。

Import導入

Image Sequence

打開所選文件夾中的一系列圖片作爲一個stack。圖片可能有不同的尺寸，也可以是任意ImageJ所支持的格式。非圖片格式的文件會被忽略。

• Number of Images：指定打開多少張圖片
• Starting image：如果設置爲n，將會從文件夾中的第n張圖片開始導入
• Increment：增量步長，即每隔多少張圖片導入
• File Name Contains：填入一個字符串，ImageJ將會僅打開含該字符串的文件
• Enter Pattern：可以使用正則表達式做進一步的過濾
• Scaled Images：設置一個小於100的數會減少內存要求，如填入50會使得所需內存減少2525。如果勾選Use Vritual Stack後，該選項會被忽略
• Convert to RGB：允許將RGB和灰度同時存在的圖片全部轉換爲RGB。注意，如果該選項不勾選，且第一張圖是8-bit，那麼後面所有的圖都將轉爲8-bit。勾選這個選項來避免這種問題。
• Sort Names Numerically：勾選後，將會以數值順序打開文件，即以1、2、..10的順序，而不是以1、10、2..的順序。
• Use Virtual Stack：勾選後，圖片將會使用Virtual Stack Opener該插件以只讀Virtual Stack的形式打開。這使得太大而難以放入內存的圖片的讀取成爲可能。

Raw

用於導入ImageJ所不支持的圖片文件，需要事先知道關於該特定文件的信息，包括圖片大小、與開頭數據的偏移量等。

LUT

打開一個ImageJ或NIH的圖片查詢表，或者一個原生的表。原生的表必須是768字節大小，且包含256個紅色、256個藍、256個綠。如果事先沒有圖片打開，那麼一個256*32的圖片會創建來顯示該表。

Text Image

打開一個製表符分隔的文本文件作爲一個32-bit的真實圖片。圖片的寬度和高度是通過掃描和計算文件的單詞數和行數所確定的。對於不大於255的文本文件，使用Image-Type-8-Bit來轉換爲8-bit圖片。在轉換前，在Edit-Options-Conversions中不勾選Scale When Converting，從而避免圖片被縮放到0-255範圍。

Text File

打開一個文本文件。也可以通過上面的File-Open或拖拽打開。

URL

通過一個URL來下載和顯示圖片。

Results

打開一個ImageJ表格或任意製表符和逗號分隔的文本文件。.csv和.xls文件可直接拖拽打開。

Stack From List

從一個包含一系列圖片文件路徑的文本文件或URL中打開stack或virtual stack。文件可以放在不同的文件夾中，但必須是相同的尺寸和類型。

TIFF Virtual Stack

打開一個TIFF格式的文件作爲Virtual Stack。

AVI

使用內置的AVI reader插件打開一個AVI文件，作爲stack或virtual stack。動畫速度是從圖片幀速率獲取的。

XY Coordinates

導入一個兩欄的文本文件，比如通過File-Save As-XY Coordinates所存取的選區。選區可在當前圖片中顯示，如果當前文件太小，則在新的空白圖片中顯示。活躍選區的座標可以通過Edit-Selection-Properties中的List coordinates顯示。

Close

關閉當前活動圖片。

Close All

關閉所有圖片。

Save

將當前活動圖片存成TIFF格式。如果僅存儲一個所選區域，創建一個選區，然後使用Image-Duplicate。
Save命令與File-Save As-TIFF是相同的。

Save As

將圖片存儲爲TIFF、GIF、JPEG或原始格式。也能用來存儲測量結果、查詢表、選區和選區的座標。

TIFF

TIFF是唯一一種（除了“raw”原始格式）支持所有ImageJ的數據格式（8-bit、16-bit、32-bit 浮點型和RGB）以及唯一支持空間和密度標定數據的格式。除此以外，選區和Overlay也存儲在TIFF文件的header中。

GIF

將當前活動圖片存儲成GIF格式。在此之前，首先要將RGB圖片通過Image-Type-8-bit Color轉換一下格式。Stacks將被存成有動畫的GIF。使用Image-Stacks-Tools-Animation Options來設定幀率。

JPEG

將當前活動圖片存儲成JPEG格式。通過Edit-Options-Input/Output來設置JPEG的壓縮率。
當存成JPEG時，Overlay會被永久嵌入圖片中。

Text Image

將當前活動圖片存儲成以製表符分隔的文本文件。已標定的和浮點類型的圖片是用Analyze-Set Measurements所設定的Decimal places小數位數這樣的精度來保存。對於RGB圖片，每個像素通過三原色的平均來轉成灰度，或者如果Edit-Options-Conversions中的If Weighed RGB to Grayscale Conversion勾選後，通過加權平均來轉成灰度。

Zip

將當前活動圖片或stack存成一個壓縮的Zip格式的TIFF。

Raw Data

將當前活動圖片或stack存成沒有header的原始像素數據。8-bit圖片存成unsigned bytes，unsigned的16-bit圖片存成unsigned short，signed 16-bit圖片存成signed short，32-bit圖片存成float，RGB存成每像素3個字節的數據。

Image Sequence

把一個stack或hyperstack存成一個圖片序列。

AVI

把一個stack或hyperstack存成AVI文件。

PNG

把當前活動圖片存成PNG。

FITS

把當前活動圖片存成FITS。

LUT

把當前活動圖片的查詢表存成文件。

Results

把“Results”窗口的內容存成製表符分隔或逗號分隔的csv文件。

Selection

把當前選區的邊界存到文件中，然後稍後可以使用File-Open再導入。

XY Coordinates

把當前ROI的XY座標存入一個兩欄、製表符分隔的文本文件。ROI座標也可以通過Edit-Selection-Properties勾選List coordinates來獲得。

Revert

Revert實際的操作是：不保存而關閉窗口，重新打開圖片。

Page Setup

控制輸出的尺寸及其他選項。

Print

打印當前圖片。

Quit

退出程序。

這裏詳解Edit菜單的功能。

Edit

Undo

撤銷上一步操作。

Cut

將當前選區中的內容複製到內部剪貼板，然後用當前背景色填充選區。

Copy

將當前選區中的內容複製到內部剪貼板，如果沒有選區，則複製整個圖片。

Copy to system

將當前選區中的內容複製到系統剪貼板。

Paste

將內部剪貼板的內容（如果爲空，則是系統剪貼板）粘貼到當前圖片。

Paste Control

粘貼以後，使用該菜單控制圖片的粘貼方式。

Clear

將選區中的內容清除，換成當前的背景色。Backspace和Del是該操作的快捷鍵。

Clear Outside

將當前選區以外的區域清除，換成背景色。

Fill

將當前前景色填充進當前選區。

Draw

使用當前的前景色和線寬繪製當前選區的輪廓。使用Edit-Options-Colors設定前景色和背景色，使用Edit-Options-Line Width設定線寬。

Invert

對當前選區或當前圖片進行取反。對於8-bit和RGB圖片，Invert總是使用min=0min=0和max=255max=255。對於16-bit和32-bit的圖片，分別使用真實的最小和最大值。

Selection

Select All

創建一個與圖片相同大小的矩形選區

Select None

使當前圖片的選區失效

Restore Selection

恢復之前的尋去到它原先的位置。該命令可以用於在不同圖片之間傳遞選區，也可以用於恢復之前不小心刪除的ROI。
在不同圖片之間傳遞ROI的方式有：

• 激活有當前選區的圖片，然後激活要傳遞選區的圖片，然後Edit-Selection-Restore Selection
• 使用ROI管理器
• 使用Analyze-Tools-Synchronize Windows

Fit Spline

用一個三次樣條(cubic spline)曲線擬合一個多邊形polygon或多線polyline選區。

Fit Circle

用一個圓circle擬合一個多點（至少三個點）或區域。不支持複合選區。如果是一個非閉合選區（比如點或線），擬合算法用的是基於Netwon的Pratt擬合；如果是一個閉合選區，該命令就是創建一個與該選區面積相同、重心相同的圓。

Fit Ellipse

用一個橢圓擬合一個選區，該橢圓與原始選區有相同的面積、取向和重心。

Interpolate

把當前選區轉化成一個亞像素的ROI。

Convex Hull

將多邊形選區轉成它的凸包（凸包可看成緊緊套在選區的各個角點上的橡膠帶）。

Make Inverse

反選選區，將原先選區的“內部”變成了“外部”。

Create Mask

創建一個新的名爲“Mask”的8-bit圖片，內部的像素是255，外部是0。默認下該圖片的LUT是反的，所以黑色是255，白色是0，除非Process-Binary-Options中的Black Background勾選。

Create Selection

從一個做過閾值處理的圖片或一個二值mask中創建一個選區。

Properties

打開一個對話框，使得用戶設置畫筆顏色Stroke color和畫筆寬度，或者設置填充顏色。注意，選區只能被填充或繪製輪廓，不能兩者同時設定。
也能通過勾選List coordiantes顯示選區的XY座標。
注意，該命令僅對當前活動選區有效。而ROI管理器的Properties（在Analyze-Tools-ROI Manager）對多個ROI有效。

Rotate

旋轉選區

Enlarge

通過設定特定數目的像素來擴大或縮小選區。
該項設爲0可以講一個複合選區轉爲一個多邊形選區。

Make Band

基於當前的選區形成一個條帶，即可視爲在當前選區上長出了一個條帶。

Specify

打開一個對話框，允許用戶定義一個矩形或橢圓形選區。可以定義大小和位置。

Straighten

該命令可以把圖片中的彎曲的對象變直，比如圖片中有條彎曲的河，通過該命令將該河拉直並提取成一張新的圖片。該對象必須提前用分段直線工具標示出來。

To Bounding Box

將一個非矩形的尋去轉爲完全包含它的最小的矩形。

Line to Area

將一個線段選擇轉爲一個選區。

Area to Line

將一個選區轉爲它的輪廓。

Image to Selection

創建一個圖像選區ImageROI。

Add to Manager

將當前選區加入ROI管理器。

Options

使用該命令來改變ImageJ的用戶偏好設置。

Line Width

改變線寬，用來改變Line Selections的線寬和Edit-Draw的線寬。

Input/Output

改變某些輸入和輸出的設置，比如JPEG的質量、table的後綴名、Results Table的選項。

Fonts

改變字體，改變Text Tool的文本顯示和Image-Stacks-Label。

Plots

使用該對話框來控制ImageJ所產生的各種Plots的顯示形式，如Image-Stacks-Plot Z-axis Profile、Analyze-Plot Profile。
比如座標軸的長度、y軸的範圍、是否繪製網格線等。

Rounded Rect Tool

設置圓角矩陣選擇工具的屬性。

Arrow Tool

設置箭頭工具的屬性

Point Tool

設置點工具的屬性

Wand Tool

設置魔棒工具的屬性

Colors

設置前景色、背景色和選區工具的顏色。

Appearance

控制圖片怎樣被顯示，工具條怎樣顯示更好，以及設置菜單字體尺寸等。

Conversions

控制圖片怎樣從一種格式轉換爲另一種格式，比如轉換過程中是否縮放，RGB怎樣轉成灰度等。

Memory & Threads

設置ImageJ可用的最大內存，以及當處理stack時線程數目。

Proxy Settings

修改Java虛擬機的代理。

Complier

設置所編譯的插件的Java版本。

DICOM

設置與DICOM圖片相關的參數。

Misc

設置其他的一些選項，有：

• Divide by zero value：設置當除以0時怎樣處理，默認是infinity無窮大，也可以設置max（最大的正值）和NaN（不是一個數字）。
• Use pointer cursor：如果勾選了，ImageJ將會使用一個箭頭指針，而不是默認的交叉十字類型的指針。
• Hide “Process Stack?” dialog：勾選後，ImageJ將不會顯示詢問是否處理所有的slices，而是直接僅僅處理當前slice。
• Require control/command key for shortcuts：勾選後，按快捷鍵時需要按下Ctrl。
• Move isolated plugins to Misc. menu：可以有效降低Plugin菜單的大小，防止一直顯示到屏幕底部
• Run single instance listener：勾選後，ImageJ將會使用sockets來阻止多個實例開啓。
• Debug mode：勾選後，ImageJ將會把調試信息顯示在Log窗口中。

Reset

將會在ImageJ退出後，刪除”IJ_pref.txt”這個文件，然後在ImageJ重啓後使用所有參數的默認值。

Image

Type

顯示當前活動圖像的類型（子菜單打鉤的即是當前類型）以及將其轉化成另一種類型。

• 8-bit：轉化爲8-bit灰度圖。ImageJ將16-bit和32-bit的圖像通過線性地將”min-max”縮放到”0-255”來轉換成8-bit圖像，其中min和max可以通過Image-Adjust-Brightness/Contrast來查看。注意，如果Edit-Options-Conversions中的If Scale When Converting 沒有勾選，那麼就不會縮放。
• 16-bit：轉爲unsigned 16-bit灰度圖
• 32-bit：轉爲signed 32-bit浮點型灰度圖
• 8-bit color：轉爲8-bit indexed 彩色圖。當前圖片必須是RGB圖。
• RGB Color：轉爲32-bit RGB圖
• RGB Stack：轉爲一個3-slice(RGB)的stack。
• HSB Stack：轉爲一個3-slice(HSV)的stack。

Adjust

該菜單用來調節亮度/對比度、閾值和尺寸等。

Brightness/Contrast

使用該工具來交互地調節圖片的亮度和對比度。對於8-bit圖片，亮度和對比度是通過修改查詢表LUT來改變，所以像素值是不變的。對於16-bit和32-bit圖片，是通過改變從像素值到8-bit顯示值的映射來改變的，所以像素值也不會改變。對於RGB圖，亮度和對比度是通過修改像素值來改變的。

• 直方圖：顯示像素值是怎樣映射到8-bit（0-255）範圍的。直方圖下方的兩個數是要顯示的最小和最大像素值，這兩個值可以在下面調節。如果實際像素值小於最小值，則顯示爲黑色；如果實際像素值大於最大值，則顯示爲白色。
• Minium and Maximum sliders：控制要顯示的最小和最大像素值。按住Shift可以同時調節一個複合圖片的所有通道。
• Brightness slider：通過移動顯示範圍（即同時增大或減小最小和最大像素值）來增加或降低圖片亮度。
• Contrast slider：通過改變顯示範圍的寬度（即擴大或減小顯示範圍）來調節圖片的對比度。
• Auto：ImageJ將會基於圖片直方圖的分析來自動優化亮度和對比度。創建一個選區後，整個圖片也將會根據該選區的分析來自動優化。優化的方式是使得一小部分的像素值是飽和的，即顯示爲白色或黑色。每次額外的點擊都會增加飽和像素的數目。
• Reset：恢復原來的亮度和對比度設置，將會顯示整個範圍的像素值。
• Set：允許用戶輸入最小和最大顯示範圍。
• Apply：應用當前設置。如果是選區，那麼僅僅選區內的像素被修改。這是唯一的修改非RGB圖片像素值的方式。

Window/Level

該命令和Brightness/Contrast是重複的，它更多地適用於醫學圖片的處理。

Color Balance

該命令改變一個標準RGB圖片的每個通道的亮度和對比度。使用下拉菜單選擇應用於哪個通道。
這裏面的滑塊和按鈕的應用跟上面的B/C相同。
注意：當在色彩通道之間改變時，如果不點擊Apply，那麼之前的修改會丟失。

Threshold

該命令自動或交互地設置閾值的上界和下界，從而將灰度圖片分割成感興趣的區域和背景。紅框內框住的範圍即是選擇區域。

• Upper slider：調節閾值的下界。按住Shift能夠在保持固定寬度閾值窗口的條件下調節下界。
• Lower slider：調節閾值的上界。
• Method：有16種不同的自動閾值算法可供選擇。默認算法是改進IsoData算法。
• Display：有三種選擇方式：（1）Red：用紅色顯示閾值以內的數值；（2）B&W：用黑色顯示特徵，白色作爲北京。（3）Over/Under：在閾值下界以下的像素用藍色顯示，閾值範圍以內的用灰色顯示，閾值上界以上的用綠色顯示。
• Dark background：但特徵要比背景淺的話，就會被勾選。
• Stack histogram：勾選後，ImageJ將首先計算整個stack的直方圖，然後基於此再計算閾值。如果不勾選，則每個slice的閾值會單獨計算。
• Auto：使用當前選擇的method以及當前圖片或選區的的直方圖來計算閾值。
• Apply：將閾值範圍內的像素設爲黑色，其他設爲白色。對於32-bit圖片，Apply也會運行Process-Math-NaN Background。
• Reset：去掉閾值，然後更新直方圖。
• Set：手動輸入閾值的上下界。

Color Threshold

上面的Threshold是對灰度圖像進行操作。這裏的Color Threshold是對24-bit的RGB圖像基於HSB、RGB或YUV等進行閾值設定。

• Pass：勾選後，範圍以內的值被選定和顯示，否則，範圍以外的值被選定和顯示。
• Thresholding Method：選擇16種不同的自動閾值算法中的某一個
• Threshold Color：選擇閾值顯示顏色
• Color Space：選擇色彩空間，有HSB、RGB、CIE Lab或YUV
• Dark Background：當特徵比背景要淺時，就勾選
• Orginal：恢復原先的圖片
• Filtered：顯示濾波後的圖片，最終圖片類型是RGB，不是8-bit灰度圖
• Select：基於當前設定創建一個ROI選區，選區是根據Process-Binary-Options對話框中的設定定義的。
• Sample：基於用戶自定義的ROI中的像素值設定濾波的範圍
• Stack：使用當前的設定處理剩下的slices（如果有的話）
• Macro：基於當前設定創建一個宏
• Help：打開內置的help對話框

Size

將當前圖片或選區縮放到一個特定的以像素爲單位的Width和Height。
縮放時可以設定是否保持長寬比，以及是否插值。

Canvas Size

改變畫布尺寸，而不縮放真實圖片。如果畫布尺寸增加了，邊界用當前的背景色填充，如果選擇了Zero Fill，那麼邊界用數值爲0的像素填充。也可以指定原圖片在新畫布中的位置。

Line Width

設置線寬，更簡單的方式是雙擊Line Selection Tools的圖標。

Show Info

顯示圖片信息

Properties

使用該命令顯示和設置當前圖片或stack的屬性。
Channels、Slices、Frames的數目都可以更改，只要三者的成績等於stack中圖片的數目。
Unit of Length是一個字符串，用來表明下方的Pixel Width、Pixel Height和Voxel Depth的測量單位。這三個維度可以自動轉換，如果單位在ImageJ已知的單位之間轉換，這些單位有：nmnm、μmμm（或寫成umum和micronmicron）、mmmm、cmcm、metermeter、kmkm和inchinch等。
對於時間序列的stack，可以設定Frame Interval，即frame rate的倒數。如果單位是sec，這個設置也會同時設定Animation Options中所用的frame rate。
Origin是圖片座標系的參考點，該參考點的x和y座標永遠是像素爲單位。
如果勾選Global，這裏的設置將會施加到當前session打開的所有圖像。

Color

該菜單是處理彩色圖片。

Split Channels

將一張RGB圖分割成三個8-bit的灰度圖，分別是紅綠藍的三個通道。如果是複合圖片或hyperstacks，該命令將分割這個stack成不同的channels。

Merge Channels

把2-7張圖片合併成RGB圖片或多通道的複合圖片。
如果勾選了Create composite，那麼就會創建一個多通道的複合圖片，如果不勾選，那麼就會創建一個RGB圖片。當創建複合圖片時，原始的LUT和顯示範圍都會保留，除非勾選了下面的Ignore source LUTs。創建RGB時總是忽略原始的LUTs。
如果勾選了Keep source Images，源圖片不會被清除。

Channels Tool

等同於Image-Hyperstacks-Channels Tool。

Stack to RGB

將一個含2個或3個slices的stack轉化成RGB，假定slices是按R、G、B的順序排列的。stack必須是8-bit或16-bit的灰度圖。也可以將一個複合圖片轉成RGB。

Make Composite

將RGB圖、stack等轉成複合圖片。

Show LUT

顯示當前圖片的LUT。

Edit LUT

打開ImageJ的LUT編輯器。

Color Picker

設定前景色和背景色。當前調色板是基於HSB，雙擊某個顏色可以設置RGB值。

Stacks

該菜單包含與Stacks相關的命令。

Add Slice

在當前slice之後插入一個空白slice，按住Alt則在當前slice之前插入。

Delete Slice

刪除當前slice。

Next Slice

顯示下一個slice

Previous Slice

顯示上一個的slice

Set Slice

顯示一個特定的slice

Images to Stack

從當前在不同窗口顯示的圖片創建一個新的stack。
如果圖片尺寸不同，那麼可以選擇轉換的Method。Copy(center)和Copy(top-left)：將最寬的照片的寬度設爲stack的寬度，將最高的照片的高度設爲stack的高度。較小的圖片將會複製到slice的中間center或左上角top-left。邊界用數值爲0的像素填充。Scale(smallest)和Scale(largest)：Stack將會選擇最小或最大的圖片的尺寸，其他的圖片會被縮放到新的尺寸，如果勾選了Bicubic interpolation，就會使用雙三次插件。
Title Contains：輸入一個字符串，然後ImageJ將會僅僅轉換包含該string的圖片。

Stack to Images

將當前stack的slices轉成分開的圖片窗口。

Make Montage

創建拼貼集。

Reslice

通過當前stack或hyperstack的圖片體重新切片。

• Output spacing：輸出間距，決定了重構的蒸餃的圖片的數目，spacing越大，輸出的stack的size越小
• Start at：決定圖片的邊緣，即重構從哪個地方開始
• Flip vertically：勾選後，輸出的每個slice都是垂直翻轉
• Rotate 90 degree：勾選後，每個slice都旋轉90度
• Avoid interpolation：勾選後，不做插值

Orthogonal Views

提供當前stack的正交視圖，即如果原stack是XY視圖，則該命令提供YZ和XZ視圖。

Z Project

將stack沿着垂直於圖片的軸，即Z軸，進行投影。

3D Project

可以很自由地對stack進行各個方向的投影。

Plot Z-Axis Profile

將ROI選區的平均灰度值對slice進行作圖。該命令需要一個點選區或線選區。

Label

對stack添加一系列數字（比如時間戳）和/或標籤。數字和標籤使用當前前景色繪製。
標籤的初始X和Y座標及字體尺寸等基於當前的矩形選區（如果有的話）。

• Format：指定標籤的結構。0：普通序列；0000：用前導的0填充數字；00:00：將標籤轉爲minutes:seconds這樣的時間戳；00:00:00：將標籤轉爲hours:minutes:seconds這樣的時間戳；Text：僅包含下面的Text輸入框中的內容；Label：顯示slice的標籤。
• Starting value and Interval：指定第一個數值和間隔。注意，對於時間戳，必須使用公制時間間隔，比如Interval爲3600時將創建1 hour的間隔
• Text：字符串
• Use overlay：勾選後，創建的標籤就作爲無損的Overlay，之前添加的overlay將會被刪除。
• Use text tool font：勾選後，標籤將使用Fonts部件中指定的風格

Tools

• Combine：將兩個stack組合，創建一個新的stack
• Concatenate：將多個圖片或stack連接起來，類型和尺寸不符的圖片將被忽略。
• Reduce：按照指定的Reduction Factor減少stack的尺寸。
• Reverse：與Image-Transfrom-Flip Z命令相同
• Insert：在指定的位置在目標圖片上插入一張源圖片。目標圖片和源圖片可以是單一圖片或stacks，但必須相同類型，且目標圖片一旦被插入後就被永久修改。如果源圖片是單一圖片，一種更簡單的組合兩個圖片的方法是：通過Edit-Selection-Image to Selection創建圖片ROI，然後Image-Overlay-Add Image
• Montage to Stack：將一個拼貼集轉爲一個stack，這與上面的創建拼貼集是相反操作
• Make Substack：從當前stack中提取一些圖片成爲新的stack。
• Grouped Z Project：創建Z軸投影的多個結果
• Remove Slice Labels：從stack中去除slice標籤

Animation

• Start Animation：重複按次序顯示該stack的slices。
• Stop Animation：停止動畫播放
• Animation Options：設置每秒多少幀，即動畫速率。

Hyperstacks

這個菜單針對於Hyperstacks，即4D或5D的圖片。

New Hyperstack

創建一個新的hyperstack，屬性主要有Width(w)、Height(h)、Channels(c)、Slices(z)、Frames(t)。

Stack to Hyperstack

將stack轉化爲hyperstack。RGB的stack將轉爲3個通道的hyperstack。Order就是channels、slices和frames的次序。ImageJ的hyperstack總是czt次序，不是czt順序的stack將被重新排序爲czt。

Hyperstack to Stack

將hyperstack轉爲stack。

Reduce Dimensionality

該命令通過創建一個新的hyperstack而將原hyperstack降維，比如抽取給定z座標的所有的channels和時間點，或者抽取在當前channel和時間點的所有的z的slices。
不勾選channels將會刪除所有的channels、但保留當前channel，不勾選Slices將僅保留當前的slice，不勾選Frames僅保留當前時間點。

Channels Tool

打開Channels部件。

Crop

基於當前的矩形選區來裁剪圖片或stack。

Duplicate

創建一個新的窗口，包含當前圖片或矩形選區的副本。對於stack和hyperstack，可以指定channels、slices和Frames的複製範圍。

Rename

重命名當前圖片。

Scale

通過對話框中的縮放因子來調整當前圖片或選區的大小，可以選擇兩種重採樣方法：雙線性或雙三次插值。
爲了更好的顯示效果，對於圖片和文字，使用整數縮放因子，如果該因子小於1，則勾選Average when downsizing。
如果勾選了Create New window，則縮放的圖片或選區可以複製到一個新的圖片；如果縮放一個選區，且不復制到新圖片，則勾選Fill with Background Color將提供背景色，而不是填充0。勾選Process entire stack後將縮放整個stack。

Transform

該菜單包含常用的幾何圖形變換的命令。

Flip Horizontally

水平翻轉

Flip Vertically

垂直翻轉

Flip Z

將stack中的slice的順序翻轉

Rotate 90 Degrees Right

順時針90度旋轉

Rotate 90 Degrees Left

逆時針90度旋轉

Rotate

旋轉特定角度。

• Grid Lines：可以用預覽模式在圖片上加上網格線
• Interpolation：可選擇雙線性或雙三次的重採樣方法
• Fill with Background Color：對於8-bit或RGB圖片，勾選此項後會填充當前背景色，而不是0
• Enlarge to Fit Result：勾選後，圖片將會被避免裁剪

Translate

平移特定的像素值。對於stacks，可以平移當前圖片或所有圖片。勾選Preview可以預覽效果。圖片邊緣的背景將被設爲0。

Bin

通過指定X、Y、Z方向的收縮因子，來減小圖片的尺寸。最終的像素可以通過Average、Median、Maximum或Minimum等方法計算。Undo撤銷操作僅對二維圖片有效，即對stack無效。
Z方向的操作與Image-Stacks-Tools-Grouped Z Project效果相同。然而，有兩個主要的不同點：Bin替代了當前圖片，Grouped Z Project則創建了一個新的substack；Bin中的Z shrink factor可以填入任意值，而Group size必須能夠stack尺寸所整除。

Image to Results

將當前選區打印到Resutls Table中，同時清除之前的結果。如果沒有ROI，則處理整個圖片。表格中詳細顯示了XY座標及其像素值。
對於RGB圖片，每個像素通過平均或加權平均算法轉化爲灰度值。

Results to Image

是上面操作的逆操作，將Results Table中的表格數據轉化爲32-bit圖片。

Zoom

該菜單控制怎樣顯示圖片。對於下面的In和Out命令，更提倡使用+、-或上下箭頭。如果有選區時，使用上下箭頭時需要按住Shift或者Ctrl。

In

有21種可能的放大級別。放大時，如果箭頭在畫布中，那麼將會圍繞箭頭放大，如果箭頭不在畫布中，將會圍繞圖片的中心擴大。左上角的Zoom Indicator表明了當前顯示的是圖片的哪一部分。當放大到一定級別後，默認就會顯示像素的格點，除非勾選Edit-Options-Appearance中的Interpolate zoomed images。當需要滾動放大的圖片時，在拖拽鼠標的同時按住空格鍵。
默認Overlays和選區是按一個像素的寬度來顯示，如果想要在較高放大級別下加粗ROI邊緣，將Edit-Selection-Properties中的Stroke width設爲非零。

Out

縮小放大層級。

Original Scale

顯示最初打開時的尺寸。快捷鍵是雙擊“放大鏡”工具的圖標

View 100%

使用100%放大，即1個圖片像素等於1個屏幕像素。將Edit-Options-Appearance中的Enable Open Images at 100%勾選後，即可設置圖片在打開時就是100%顯示。

To Selection

基於當前的選區進行縮放。如果沒有選區的話，就會使得圖片縮放到fit to screen級別。

Set

手動設定精確值供縮放，也可以同時設定縮放的中心點的座標。

Overlay

該菜單用於設置對圖片無損的Overlay。Overlay包含一個或多個選區：箭頭、線段、點、各種形狀和文本等，也可以包含圖片選區，即ImageROI。

Add Selection

該命令用於將選區立即加入當前的Overlay，快捷鍵是B。按住Alt+B將會顯示一個對話框供設置Stroke Color、Width和Fill color。除了文本選區，Stroke color和width這兩個與Fill color是不共存的。
如果勾選了New overlay，那麼之前添加的Overlay將被刪除。
如果在Analyze-Set Measurements中勾選了Add to overlay，那麼要測量的選區(Analyze-Measure)將會自動添加到Overlay。

Add Image

通過將一張圖片添加到另一張圖片的overlay而實現組合圖片的效果。要組合的圖片可以是任意類型，但不能比主圖大。組合時可以設置透明度，初始的XY座標是基於當前矩形選區。
默認情形下，創建的新圖片不能隨意在畫布上移動，即不是一個圖片選區ImageROI，它存在TIFF的header中。如果想得到一個圖片選區，可以通過Edit-Selection-Image to Selection或者Image-Overlay-To ROI Manager。

Hide Overlay

隱藏Overlay

Show Overlay

顯示Overlay

From ROI Manager

從ROI管理器中的選區創建一個overlay，注意之前添加的overlay將被刪除。

To ROI Manager

把當前Overlay中的選區複製到ROI管理器，這樣就可以對其進行編輯。注意，ROI管理器中的之前項目會被刪除。

Remove Overlay

永久清除overlay，使其不可被恢復

Flatten

創建一個新的RGB圖片，其中的overlay被渲染成圖片數據，該RGB圖片與原圖片的尺寸相同，這跟Plugins-Utilities-Capture Image不同，後者是創建一個“所見即所得”的與當前窗口尺寸相同的圖片。

Labels

定義怎樣對overlay打標籤。比如定義顏色、標籤字體、標題、背景等。

Overlay Options

定義默認的overlay的Stroke color、width和Fill Color。將Stroke width設爲0，則選區的邊緣的寬度就是1個像素，不管放大多少倍。

LookUp Table

該菜單包含選擇哪種色彩查詢表用來將灰度圖創建成僞彩色圖。

Invert LUT

反轉當前的LUT。對於8-bit圖片，表中的每一個值v都被255-v所替代。與Edit-Invert不同的是，像素值沒有被改變，只是在屏幕上顯示的方式改變了。

Apply LUT

將當前的LUT施加到圖片或選區的像素值上。該命令等價於Image-Adjust-Brightness/Contrast的Apply操作。對於閾值處理過的圖片，等價於Image-Adjust-Threshold的Apply操作。

Process

Smooth

對當前圖片或選區進行模糊處理。該過濾器將每個像素值設爲它的3*3鄰居的平均值。

Sharpen

對當前圖片或選區進行銳化，即增加對比度和強調細節，但有可能對噪點進行了加強。該濾波器使用下面的權重因子：

−1 −1 −1−112−1−1−1−1−1−1−1 −112−1 −1−1−1

Find Edges

使用Sobel邊緣檢測器來高粱像素值強度的劇烈變化。使用下面的兩個3*3的卷積核來產生垂直和水平的梯度。最終的圖片是計算兩個梯度的平方的和的平方根得到：

1 0 −120−210−1121000−1−2−112110−1 00020−2 −1−2−110−1

Find Maxima

計算當前圖片的局部最大值，然後創建一個含最大值等形式的二值圖片。對於RGB圖片，挑選的是luminance的最大值，luminance是根據Edit-Options-Conversions中的平均或加權平均計算出來的。

• Noise Tolerance：如果最大值沒有比周圍的數值大這個tolerance，那麼該最大值會被忽略。即，設置了一個最大值減去該tolerance的閾值，超過該閾值的區域才被分析。
• Output Type：Single Points：圖片是每個最大值所對應的點；Maxima Within Tolerance：每個最大值周圍在Tolerance範圍之內的所有點；Segmented Particles：假定每個最大值都屬於一個顆粒，然後使用一個泛洪算法將圖片分割，與之對比的是，Process-Binary-Watershed使用的是歐拉空間距離；Point Selection：在每個最大值點上顯示一個多點選區；List：在Results窗口中顯示每個最大值點的座標；Count：顯示最大值的數目。
• Exclude Edge Maxima：排除邊緣上的最大值點
• Above Lower Threshold：僅適用於閾值處理過的圖片，僅尋找在閾值下界以上的最大值，圖片的閾值上界被忽略。如果在Output Type中選擇Segmented Particles，那麼在閾值下界以下的區域處理成背景。
• Light Backgroud：如果圖片背景要比要尋找的對象亮，則勾選。

該命令不適用於stacks，但FindStackMaxima宏可以作用於stack的所有圖片。

Enhance Contrast

通過使用histogram stretching或histogram equalization來增強圖片對比。該命令不會改變像素值，只要Normalize、Equalize Histogram等不勾選。

• Saturated Pixels：決定圖片中要飽和處理（即轉成黑色或白色）的像素的個數。增大這個值會增加對比度。
• Normalize：勾選後，ImageJ將會重新計算像素值使得範圍等於該圖片類型的最大範圍，或者對於浮點圖片，範圍是0-1.0。比如，對於8-bit圖片，該最大範圍是0-255，對於16-bit圖片，範圍是0-65535。對於RGB圖，該項不顯示。
• Equalize Histogram：勾選後，ImageJ將會使用histogram equalization來加強圖片。勾選此項後，上面兩項將失效。
• Use stack histogram：勾選後，ImageJ將會使用整體的stack的histogram，而不是單個slice的histogram。

Noise

Add noise

對圖片增加隨機噪聲，噪聲服從均值爲0、標準差爲25的高斯分佈。

Add Specified Noise

增加一個均值爲0、手動輸入標準差的高斯噪聲。

Salt and Pepper

通過隨機替換2.5%的黑色像素和2.5%的白色像素來增加椒鹽噪聲。該命令僅適用於8-bit圖片。

Despeckle

這是一種中值濾波器，它將像素值替換爲它周圍3*3的像素點的均值。中值濾波器對於去掉上面的椒鹽噪聲很有用。

Remove Outliers

如果一個像素點離它周圍點的均值超過一定數值，該命令就會去除這個像素點。該命令對CCD相機的hot pixels或dead pixels很有用。

• Radius：決定計算均值的範圍（單位是像素）。使用Process-Filter-Show Circular Masks來顯示半徑是如何轉變爲面積的。
• Threshold：決定閾值（單位是像素）
• Which Outliers：決定比均值更亮還是更暗的像素點去除。

Remove NANs

該濾波器將32-bit圖片中的NaN像素點替換成由Radius定義的圓形kernel區域內部的像素點的平均值。

Shadows

創建陰影效果，使得光看起來從不同的方向照來。這些操作實際上是使用了不同的3*3的卷積核。

Binary

創建或處理二值圖片，圖片裏僅有兩個值，ImageJ處理成0和255，也有軟件處理成0和1。這裏假設對象是黑色的，背景是白色的，除非Process-Binary-Options中的Black Background被勾選。

Make Binary

將一張圖片轉化爲黑白二值圖片。如果之前使用Image-Adjust-Threshold設置了閾值，就會跳出一個對話框使設置怎樣處理閾值以外和以內的像素。如果沒有設置閾值，就會分析當前選區或整個圖片的直方圖，然後自動設置閾值進行二值化。如果是Stack，就會顯示Convert to Mask對話框。注意，對於未經過閾值處理的圖片和stack，Make Binary和Convert to Mask表現類似。

Convert to Mask

將圖片轉爲黑白二值圖片。該mask有一個反轉的LUT（即白色是0，黑色是255），除非在Process-Binary-Options中勾選了Black Background。效果跟上面的Make Binary近似。

Erode

在二值圖片中在圖像邊緣去除像素，在非閾值化的圖片上使用Filters-Minimum來腐蝕灰度圖。

Dilate

在二值圖片中在圖像邊緣增加像素，在非閾值化的圖片上使用Filters-Maximum來膨脹灰度圖。

Open

開操作，即先腐蝕後膨脹。這將平滑對象及去除獨立的像素點。

Close

閉操作，即先膨脹後腐蝕。這將平滑對象及填充小洞。

Outline

在二值圖片中在前景圖片中產生一個像素寬的輪廓。

Fill Holes

填充小洞（4個相連的背景色的元素）。

Skeletonize

在二值圖片中對對象邊緣不斷地去除像素點知道形成一個單像素寬的形狀。

Distance Map

從二值圖片中產生一個歐氏距離映射EDM。每一個前景像素被設爲等於其離最近的背景像素的距離。下面的Ultimate Points、Watershed和Voronoi操作都是基於EDM算法。
該命令的輸出類型需要在Binary-Options中設定，注意當選擇Overwrite或8-bit output時，大於255的距離會被設爲255。

Ultimate Points

產生極限腐蝕點，這種點是上面EDM的最大值。

Watershed

泛洪分割可以自動分割兩個碰撞的顆粒。它首先計算歐氏距離映射EDM，然後找到極限腐蝕點。接着儘可能膨脹每一個極限腐蝕點，直到達到顆粒的邊緣或者達到另一個正在膨脹的極限腐蝕點。泛洪分割對重疊不嚴重的平滑凸包對象的分割很有用。
在Edit-Options-Misc中開啓debug模式後，該命令可以創建一個泛洪算法怎樣工作的動畫。

Voronoi

將圖片分割成與兩個最近鄰顆粒的邊界有相等距離的一系列的點連成的線。因此，每個顆粒的Voronoi包含了與該顆粒更近的所有點。當顆粒是單個的點時，這個過程稱爲Voronoi鑲嵌或稱Dirichlet鑲嵌。
在輸出中，在Voronoi胞內部的值是0，分割線上的點的像素值等於兩個最近鄰顆粒的距離。

Options

指定Binary命令的有關設置：

• Iterations：指定腐蝕、膨脹、開、閉操作的迭代次數，迭代過程可以被Esc打斷。
• Count：指定腐蝕或膨脹時在邊緣上去除或添加的像素的臨近背景像素個數。
• Black Background：指定背景爲黑色。
• Pad edges when eroding：勾選後，不會在圖片的邊緣進行腐蝕，該選項也會影響閉操作。
• EDM output：決定輸出類型。
• Do：預覽一下上述設置的影響。

Math

該菜單對當前圖片或選區上的每個像素加減乘除一個常數。

Add

相加一個常數。對於8-bit圖片，大於255的結果被置爲255；對於16-bit圖片，大於65535的結果被置爲65535。

Subtract

減去一個常數。對於8-bit和16-bit圖片，小於0的結果被置爲0。

Multiply

乘以一個常數。對於8-bit圖片，大於255的結果被置爲255；對於16-bit圖片，大於65535的結果被置爲65535。

Divide

除以一個常數。對於非32-bit的圖片，忽略除以0的操作；對於32-bit圖片，如果源像素分別是正值、負值或零，那麼默認除以0的結果是正無窮、負無窮和NaN。可以Edit-Options-Misc重新定義除以0的結果。

And

與一個特定的二進制常數進行逐位與運算

OR

與一個特定的二進制常數進行逐位或運算

XOR

與一個特定的二進制常數進行逐位異或運算

Min

如果像素值小於某特定常數，則該像素值被替換爲該常數

Max

如果像素值大於某特定常數，則該像素值被替換爲該常數

Gamma

對每一個像素值施加f(p)=(p/255)γ∗255f(p)=(p/255)γ∗255，其中γγ在0.1和5.0之間。對於RGB圖片，該函數作用於所有的3個通道，對於16-bit圖片，圖片的最小和最大值將代替255用於縮放。

Set

用特定值來填充圖片或選區。

Log

對於8-bit圖片，對圖片或選區中的每個像素施加f(p)=ln(p)∗255/ln(255)f(p)=ln⁡(p)∗255/ln⁡(255)；對於RGB圖片，該函數作用於三個通道；對於16-bit圖片，圖片的最小和最大值將代替255；對於float型圖片，不進行縮放。如果想計算log10log10，則對該結果乘以0.4343。

Exp

對當前圖片或選區進行指數變換

Square

對當前圖片或選區進行平方變換

Square Root

對當前圖片或選區進行平方根變換

Reciprocal

對當前圖片或選區進行倒數變換

NaN Background

將32-bit浮點型圖片的非閾值的像素設爲NaN。對於浮點型圖片，Image-Adjust-Threshold的Apply就是執行的該命令。

Abs

產生當前圖片或選區的絕對值，僅對32-bit浮點型圖片或signed 16-bit圖片有效。

Macro

可以自定義算術運算。

FFT

該菜單支持頻域顯示、編輯和處理，基於二維快速哈特利變換FHT。三維的FHT可以通過3D Fast Hartley Transform插件來實現。

FFT

進行傅里葉變換，顯示功率譜。測量的點的極座標由Anayze-Measure所記錄。如果鼠標在當前頻譜窗口上懸停，那麼它的位置是通過極座標顯示。

Inverse FFT

進行逆向傅里葉變換。

Redisplay Power Spectrum

從頻譜圖片中重新計算功率譜。

FFT Options

顯示快速傅里葉變換的選項。

Bandpass Filter

去除高頻和低頻。

Custom Filter

使用用戶自定義的空間域圖片作爲濾波器。

FD Math

對兩張圖片進行convolve或deconvolve。

Swap Quadrants

交換象限。

Filters

該菜單包含五花八門的濾波器。

Convolve

使用填入文本區域的kernel進行空間卷積。
一個kernel就是一個矩陣，它的中心是源像素，其他的元素是該像素的鄰居。通過對像素點乘以相應的kernel中的係數然後相加得到結果。對kernel的尺寸沒有限制，但它必須是方形，且必須是奇數寬度。
勾選Normalize Kernel可以使得每個係數都除以所有係數的和，從而保持圖片的亮度。

Gaussian Blur

該過濾器使用一個高斯函數進行卷積，從而實現平滑效果。

Gaussian Blur 3D

計算一個三維高斯低通濾波。

Median

將像素替換爲周圍點的平均像素值，從而實現降噪效果。

Mean

怎麼感覺跟上面的Median是一個意思呢。。

Minimum

將像素替換爲周圍點的最小值，從而實現灰度腐蝕。

Maximum

將像素替換爲周圍點的最大值，從而實現灰度膨脹。

Unsharp Mask

通過從原圖片中提出一個模糊的版本，從而銳化和加強邊緣。

Variance

將每個像素替換爲鄰居的方差，從而高亮邊緣。

Show Circular Masks

產生一個包含上面Median、Mean、Minimum、Maximum和Variance濾波器使用的圓形mask產生的事例。

Batch

包含批量處理一系列圖片的命令。
Batch命令是非遞歸的，即命令是施加在當前Input文件夾的所有圖片上，但不作用於它的子文件夾，除非使用BatchProcessFolders宏中定義了目錄遺傳樹。
關於批處理有三個重要提醒：

• 文件很容易被覆蓋，因爲批處理器總是靜默地覆蓋有同樣名稱的已有文件；
• 目標Output文件夾應該有足夠的硬盤空間來存儲所創建的圖片；
• 對於非原始格式的圖片，批處理操作會被那個讀取該文件格式的插件或庫所影響。

Convert

在指定文件夾中批量轉換或調整文件尺寸。

• Input：選擇源文件夾
• Output：選擇目標文件夾
• Output Format：選擇輸出圖片的格式
• Interpolation：如果Scale Factor不設爲1，那麼將會使用重採樣方法。
• Scale Factor：是否縮放。

Macro

運行指定文件夾中的一個宏，最近使用的宏存儲在/ImageJ/macros/batchmacro.ijm文件中，可以在重啓時記憶住。

• Input：選擇要處理的圖片所在的文件夾
• Output：選擇目標文件夾。如果爲空，源文件不會被存儲
• Output format：指定輸出格式
• Add Macro Code：下拉菜單中包含了一些宏片段，可以組合起來形成一個宏。其他的代碼可以粘貼進下面的編輯器中。之前寫的宏可以通過下面的Open導入。
• Test：用Input文件夾中的第一張圖片進行測試
• Open：導入之前寫的宏
• Save：保存組裝好的宏

Virtual Stack

該命令與上面的macro的界面相同，允許操作virtual stack。

Image Calculator

對兩張圖片進行邏輯或算術運算，Image1可以是stack，或者Image1和Image2同時是stacks。如果兩者都是stacks，那麼都是有相同數目的slice。兩張圖片不一定有相同的文件類型或尺寸。

• Operation：選擇13種操作中的一種
• Create New Window：勾選後，就會創建一個新的圖片，如果不勾選，則結果作用在Image1上。
• 32-bit Result：勾選後，源圖片在操作前會轉換爲32-bit float型

Subtract background

去除平滑的連續的背景，基於“rolling ball”算法。想象一個二維灰度圖有一個第三維度，其值是每個點的像素值的大小，一個有特定半徑的球在這個表面下面滾動，碰到該圖的點就是要去除的背景。

• Rolling Ball Radius：拋物線的曲率半徑。
• Light Background：允許處理明亮背景、對象深色的情形。
• Separate colors：僅適用於RGB圖像，如果未勾選，則操作僅影響亮度，而不對灰度和飽和度進行操作。
• Create background (Don’t subtract)：勾選後，輸出不再是扣除了背景的圖片，而是背景本身。
• Sliding Paraboloid：勾選後，球被一個有相同曲率的的拋物面所替代。
• Disable Smoothing：爲了計算背景，圖片會先用一個3*3的最大值濾波器進行濾波，從而去除異常值和噪點的影響。勾選後，使用原始值進行操作。

Repeat Command

重複之前的命令。忽略Edit-Undo和File-Open這兩個命令。

Analyze

Measure

基於當前選擇，在Results Table中計算和顯示區域統計、線長、角度或者點座標等信息。具體的測量操作可以在下方的Set Measurment對話框中進行指定。

Analyze Particles

在二值圖片或閾值處理過的圖片上，對對象進行計算和測量。它是通過掃描圖片或選區直到找到對象的邊緣，然後用魔棒工具將對象的輪廓畫出來，使用上面的Measure命令計算測量。

• Size：給定一個面積範圍，如果particle的尺寸面積在該範圍之外，其將被忽略。如果標度過圖片，則使用真實單位所形成的物理面積，否則使用像素的平方做單位。
• Circularity：球形度範圍，在此範圍以外的particle將被忽略。
• Show：決定在分析之後怎樣顯示結果。Nothing：圖片或Overlay都不顯示，注意，如果該particle analyzer測量到的particles數目爲0以及Show選擇Nothing，那麼就會顯示一個空白圖片；Outline：顯示一張含有用數字標示的particle的輪廓的8-bit圖片；Bare Outlines：8-bit圖僅顯示輪廓，不顯示標籤；Masks：一張8-bit圖片，包含particles的對輪廓的填充；Ellipses：8-bit圖片，包括最近似的橢圓；Count Masks：16-bit圖片，包含particle的對輪廓的填充，同時用與particle number相對應的灰度值顯示；Overlay Outlines：在overlay中顯示particle的輪廓，刪除之前的overlay；Overlay Masks：在overlay中顯示particle的輪廓的填充，刪除之前的overlay。
• Display Results：勾選後，每個particle的測量結果將在Results Table中顯示
• Clear Results：勾選後，Results Table中的之前的結果將被清除
• Summarize：勾選後，將在一個Summary的表格中顯示particle的個數、總面積、平均尺寸、面積分數和Set Measurements中的所有參數的平均值。
• Add to Manager：勾選後，測量到的particles都將添加進ROI管理器。
• Exclude on Edges：勾選後，碰到圖片或選區邊緣的particle將被忽略。
• Include Holes：勾選後，內部的孔洞將被作爲每個Particle的內部區域，即ImageJ將會僅通過外邊界來尋找每個Particle，內部的。不勾選此項，將會通過泛洪填充來尋找對象，然後會在Particle中排除孔洞。
• Record Starts：該選項允許插件和宏使用doWand函數來重新創建邊界，CircularParticles宏展示了使用方法。
• In situ Show：勾選後，原始圖片將被新圖片替代，該選項對上面的overlay無效。

Summarize

對於Results Table中的每一列，計算這一項的均值、標準差、最小和最大值。

Distribution

從Results Table的選定列中創建該列數據的頻率直方圖。

Label

該命令使用Results Table的行數來對當前的選區進行標註。

Clear Results

清除結果

Set Measurements

使用該對話框來指定Analyze-Measure、ROI管理器的Measure和Analyze-Analyze Particles怎樣進行測量。對於閾值處理的圖片，如果勾選了Limit to Threshold，則可以僅對高亮的像素點進行測量。
這些選項分成了兩類：第一類是控制輸出到Results Table中的測量的類型有哪些；第二類是怎樣測量。
第一類的18個選項有：

• Area：面積，如果下面的Analyze-Set scale用來進行空間標度，那麼面積就是真實面積，否則用像素面積
• Mean gray value：當前選區的平均灰度值。對於灰度圖，就是所有灰度值加起來除以總個數；對於RGB圖，使用之前介紹過的轉換法則將每個像素轉爲灰度值；
• Standard deviation：灰度值的標準差。
• Modal gray value：出現頻率最大的灰度值，即直方圖中的高峯
• Min & Max gray level：最小和最大灰度值
• Centroid：中心點，即圖片或選區中的所有像素點的XY座標的平均
• Center of mass：這是用亮度加權的XY座標點的平均。
• Perimeter：選區的外邊界的長度。
• Bounding rectangle：包住選區的最小矩形。使用矩形的左上角的座標及長寬表示。
• Fit ellipse：用橢圓來擬合選區，使用橢圓的主軸和次軸和角度來表示。如果上面的Centroid勾選後，橢圓的中心店也顯示出來。注意，如果Analyze-Set Scale中的Pixel Aspect Ratio不勾選，那麼ImageJ不能計算主軸和次軸的長度。
• Shape descriptors：計算和顯示以下形狀因子：Circularity球形度、Aspect ratio長寬比、Roundness和Solidity。
• Feret’s dismeter：在選區邊緣上兩點之間的最大距離
• Integrated density：像素值的總和，它等於Area和Mean Gray Value的乘積。
• Median：像素值的平均值
• Skewness：均值的三次矩
• kurtosis：均值的四次矩
• Area Fraction：面積分數，對於閾值處理過的圖片，它是紅色高亮的像素的分數；對於非閾值處理過的圖片，它是非零像素的分數。
• Stack position：在stack或hyperstack中的位置：slice、channel和frame。

第二類的選項是控制怎樣測量：

• Limit to threshold：勾選後，僅閾值範圍內的像素被測量
• Display level：勾選後，圖片名字和slice的序號會在Results Table中記錄。
• Invert Y coordinates：勾選後，XY的原點變成窗口的左下角，而不是默認的左上角。
• Scientific notation：勾選後，用科學計數法顯示結果
• Add to Overlay：勾選後，所測量的ROI自動添加進Overlay
• Redirect to：從該菜單中選擇要統計的圖片，這使得可以在一張圖片中的統計同樣應用於另一張圖片的相應區域。
• Decimal places：顯示小數點的位數。

Set Scale

使用該對話框來定義空間比例，從而使得測量能用真實單位顯示，比如mmmm和μmμm。
在使用該命令之前，先用一個直線選區工具在已知距離上進行劃線，然後再調用該對話框，在Known Distance和Unit中填入真實距離及單位即可。
如果將Pixel Aspect Ratio設爲非1，還可以支持水平和垂直兩個方向上不同的空間比例。
當勾選Global後，該比例將會應用於所有的當前session已打開的圖片中。

Calibrate

功能是使用不同的函數來擬合像素值和灰度值之間的關係。

Histogram

計算和顯示當前圖片或選區的灰度值的分佈直方圖。
X軸是可能的灰度圖，Y軸是該灰度值的像素個數。X軸下方的LUT用來顯示圖片的顯示範圍。再下方會顯示總的像素個數、灰度值的平均值、標準差、最小、最大和modal值。
點擊list或copy來存儲直方圖數據。點擊Log來顯示一個對數座標的直方圖。點擊live可以在瀏覽stack或移動ROI時見識直方圖的變化。

Plot Profile

顯示沿着一條線或一個矩形選區的像素值的強度的變化曲線。爲了得到多個選區的作圖，可以使用ROI管理的Multi Plot命令。
其他類型的選區，可以先運行Edit-Selction-Area to Line將其轉化爲直線選擇。

Surface Plot

在一個灰度圖或僞彩色圖上顯示一個三維的像素值的圖。作圖是基於現有的矩形選區或整個圖片。

Gels

使用該命令來分析一個一維的電泳凝膠。

Tools

該菜單提供了多種圖像分析插件。

Save XY Coordinates

將當前圖片的所有非背景像素點的XY座標值和像素值寫入一個文本文件中。背景假設爲圖片左上角的像素點的值。對於灰度圖，每行寫入三個值，用空格分割。對於RGB圖，每行寫入五個值。座標系的原點是在圖片的左下角。

Fractal Box Count

估計一個二值圖片的分形維度。

Analyze Line Graph

該命令使用上面的Particle Analyzer來提取線圖的座標值。這個功能跟GetData軟件一樣，但明顯不如專業的GetData好用。

Curve Fitting

曲線擬合。這塊還是使用專業的軟件吧。。

ROI Manager

可以用來管理多個ROI。

Scale Bar

繪製一個帶標註的空間比例尺。

Calibration Bar

繪製一個帶標註的色度條。

Synchronize WIndows

在多個窗口上同步鼠標移動和輸入，使得某個圖片上繪製的ROI能夠複製到其他同步窗口中。

 

Plugins

這裏詳解Plugins菜單的功能。
Plugins菜單反映了ImageJ/plugins文件夾（至多兩個子文件夾）的層級結構，因此可以創建子菜單（即子文件夾）來保持該菜單的簡潔性，比如將EPS_Writer.class移動到ImageJ/Plugins/Input/PDF文件夾就可以實現將EPS Writer插件移入Plugins-Input-PDF子菜單下。
另外，勾選Edit-Options-Misc中的Move isolated plugins，就可以將僅有一個命令的插件移入Plugins-Miscellaneous菜單中。

Macros

該菜單包含了安裝、運行、錄製宏等命令。在文件StartupMacros.txt中包含的宏會在ImageJ啓動時自動加載。ImageJ被設計成一次僅能安裝一個集合的宏，因此，通過Install加載的最後一個集合的宏總會替換上一次的宏。

Install

安裝宏。

Run

加載宏並運行，而不在Editor中打開。爲了運行一個宏，同時查看它的代碼，使用File-Open，然後在編輯器裏點Macros-Run Macro。

Startup Macro

打開ImageJ/macros/StartupMacro.txt文件。

Record

打開ImageJ的命令錄製器。爲了創建一個宏，先打開錄製器，然後使用一個或多個命令，然後點擊Create。當錄製器打開時，使用的每一個菜單命令都將產生一個run函數。

Shortcuts

快捷鍵相關的操作。

List Shortcuts

該命令顯示快捷鍵列表。在command一列中用星號開頭的快捷鍵是用Create Shortcuts創建的，而用^號開頭的表明是通過所安裝的macro創建，其會覆蓋掉ImageJ的默認熱鍵。

Create Shortcuts

爲ImageJ的菜單命令指定一個快捷鍵。

Install Plugins

在用戶指定的子菜單下安裝一個插件。如果一個插件有showAbout()函數，那麼它會自動添加到Help-About Plugins子菜單下。
注意，新版的ImageJ將Install Plugins單獨提到Plugins這個一級菜單下了。

Remove

刪除通過Create Shortcuts添加的命令。

Utilities

Control Panel

該命令用一個遺傳樹的結構來顯示ImageJ的菜單。點擊一個葉子節點來啓動對應的命令。雙擊一個主幹節點（文件夾圖標）會展開或收起它。點擊和拖拽一個主幹節點可以在另外一個窗口中顯示它的子節點。

Find Commands

無需瀏覽所有菜單而直接找到一個命令的最快捷的方式。
快捷鍵是“L”。

Search

查找包含某個特定字符串的宏、腳本、插件源代碼等。

Monitor Events

通過使用IJEventListener、CommandListener、ImageLister界面，可以監視前景色和背景色的變化、工具切換、日誌窗口、命令執行、圖形窗口的打開、關閉和升級等。

Monitor Memory

顯示內存使用情況。

Capture Screen

將電腦的當前屏幕截屏，顯示成一個RGB圖片。

Capture Image

將當前顯示的圖片保存進一個RGB圖片，所見即所得。

ImageJ Properties

顯示ImageJ的屬性，如Java版本、OS名字和版本、文件路徑、屏幕尺寸等信息。

Threads

顯示當前運行的線程和優先級。

Benchmark

在當前圖片上運行62種圖像處理操作，然後在狀態欄上顯示運行時間。

Reset

使用該命令解鎖一個鎖定的圖片、釋放剪貼板所使用的內存和undo的緩存。

New

打開一個編輯窗口，用來編輯和運行宏、腳本和插件。

Macro

打開一個空白的編輯器窗口。

Macro Tool

打開一個創建圓形選區的宏demo。

JavaScript

打開一個名爲Script.js的空白的編輯器窗口。

Plugin

打開一個使用PlugIn接口的原型插件。該類型的插件打開、捕捉和差生圖片。使用Ctrl+R來編譯和運行。注意插件的名字應該包含至少一個下劃線。

Plugin Filter

打開一個使用PlugInFilter接口的原型插件。該類型的插件處理當前圖片。

Plugin Frame

打開一個使用PlugInFrame類的原型插件。該類型的插件顯示一個包含控制體（如按鈕和滑塊）的窗口。

Plugin Tool

打開一個使用PlugInTool的原型插件，該插件用於與畫布交互。

Text Window

打開一個特定尺寸的文本窗口，用於宏的寫入。

Table

打開一個類似於Results Table的空白table，用於宏的寫入。

Compile and Run

編譯和運行一個插件。如果一個文件的名字後綴是.class，則運行該插件。

 

Window

Show All

顯示所有的窗口。

Put Behind

顯示下一個窗口。

Cascade

將所有的圖片都移動到屏幕的左上角，互相之間稍有偏移。

Tile

以“磁貼”的形式顯示圖片，儘量不互相覆蓋。

Help

ImageJ Website

打開ImageJ的官網。

ImageJ News

打開ImageJ官網的新聞頻道。

Documentation

打開ImageJ官網的文檔部分。

Installation

打開ImageJ官網的安裝部分。

Mailing List

打開ImageJ的郵件列表。

Dev. Resources

打開ImageJ官網的開發者資源。

Plugins

打開ImageJ官網的插件資源，其有超過500個插件。

Macros

打開ImageJ官網的宏資源，其有超過400個插件。

Macro Functions

打開ImageJ官網的宏函數參考頁。

Update ImageJ

升級ImageJ到最新版本，將最新的ij.jar放在../../upgrade/，或者降級到../../download/jars/中的某個早期版本。

Refresh Menus

在添加（或移除）插件和宏後，使用該命令來更新菜單。

About Plugins

顯示插件文件夾下的插件信息。

About ImageJ

顯示ImageJ的版本、作者、網站、Java版本和可用內存等。