宏
宏是一個自動執行一系列ImageJ命令的簡單程序。創建宏的最簡單的方法是錄製一系列的命令：Plugins-Macros-Record。
宏存成一個.txt或.ijm後綴的文本文件，然後通過Plugins-Macros加載。
關於宏編程的教程有：
- The ImageJ Macro Language
- The Built-in Macro Functions webpage
- Tutorials on the Fiji webpage
- How-tos and tutorials on the ImageJ Documentation Portal
腳本
原生ImageJ腳本是用JavaScript語言寫成。
資源有：
- The ImageJ web site, with growing documentation
- Tutorials on the Fiji webpage
- Online scripts repository
Fiji則支持其他語言，比如BeanShell、Clojure、Python和Ruby。
資源有：
- Jython Scripting
- Jython Scripting Examples
- The extensive tutorial on scripting Fiji with Jython by Albert Cardona
- Dedicated tutorials on the Fiji webpage
插件
插件是用Java寫成。
資源有：
- Developer Resources Page on the ImageJ website
- Dedicated tutorials on Fiji’s webpage
- Dedicated tutorials on the ImageJ Documentation Portal
- Dedicated tutorials on the ImageJDev webpage
命令行運行ImageJ
可以在命令行運行ImageJ，教程有：