DNA序列轉換爲RNA序列

1、Python文件DNA轉RNA
#!/usr/bin/python
 2 #-*- coding:utf-8 -*-
 3 "將DNA序列轉換爲RNA序列，即將T轉換爲U即可，利用字符串的replace方法"
 5 f=open('./test.txt', 'r')
 6 line=f.read()
 7 dna2rnaline=line.replace('T', 'U')
 8 f.close()
 9 f=open('./test.txt', 'w')
10 line=f.write(dna2rnaline)
11 f.close()#瞭解DNA序列和RNA序列的鹼基差別

2、利用BioJava將DNA序列轉錄成RNA序列,在Biojava中，DNA和RNA序列以及標誌鏈(SymbolList)使用不同的字母表。你可以使用RNATools的靜態方法transcribe()將DNA轉錄成RNA。

a、

import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.seq.*;

 

public class TranscribeDNAtoRNA {
public static void main(String[] args){
try{
// 創建一條DNA標誌鏈
SymbolList symL = DNATools.createDNA("atgccgaatcgtaa");

// 轉錄成RNA
SymL = RNATools.transcribe(symL);

// 證明它的效果
System.out.println(symL.seqString());

}
catch(IllegalSymbolException ex){
// 如果標誌不合法報錯
ex.printStackTrace();
}
catch(IllegalAlphabetException ex){
// 如果不是DNA字母表報錯
ex.printStackTrace();
}
}
}

b、

package addnumber;

import java.io.BufferedReader;
import java.io.BufferedWriter;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.FileReader;
import java.io.FileWriter;
import java.io.IOException;

public class add {
public static void main(String args[]) throws IOException
{
    BufferedReader br=null;
    BufferedReader br_2=null;
    BufferedWriter bw = null;
    
    br=new BufferedReader(new FileReader("C:/Users/dell/Desktop/CCDC101.txt"));
    br_2=new BufferedReader(new FileReader("C:/Users/dell/Desktop/CCDC101_2.txt"));
    bw = new BufferedWriter(new FileWriter("C:/Users/dell/Desktop/C.fasta"));
    String lineString = null;
    String lineString_2 = null;
    int i = 0;
    while ( br.ready()) {
        i++;
                       // BufferedReader 的readline 方法，直接讀取一行數據
        lineString = br.readLine();
        if (lineString.equals("")) {
            break;
        } else {
            String lineString1 = ">" + i;
            bw.write(lineString1);
            bw.newLine();
            lineString=lineString.replace('T', 'U');
          
            bw.write(lineString); // 寫入一行數據
            bw.newLine(); // 另起一行
       
        }
    }
    
    br.close();
    int j = 0;
    while (br_2.ready()) {
        j++;
                       // BufferedReader 的readline 方法，直接讀取一行數據
        lineString_2 = br_2.readLine();
        if (lineString_2.equals("") ) {
            break;
        } else {
            String lineString2 = ">" + j+"_";
            bw.write(lineString2);
            bw.newLine();
            lineString_2=lineString_2.replace('T', 'U');
            bw.write(lineString_2); // 寫入一行數據
            bw.newLine(); // 另起一行
           
        }
    }
    
    br_2.close();
    bw.close();
    
}
}