- Bioinformatics是作爲生物信息學最重要的專門期刊了。2012年度IF=5.468
- 另外還有Briefings in Bioinformatics，這個雜誌每年的發稿量少，最近幾年IF波動很大，第一年24+，後來到9+，2012年度IF=5.202。
- 稍次一點的雜誌，如BMC Bioinformatics，也是生物信息學的專刊。2012年度IF=3.447
- 對於計算向的生物信息學，PLOS Computational Biology是一個很好的期刊。2012年度IF=5.215
- 除此之外，Nature Method，也會有生物信息學相關的方法發表。2012年度IF=19.276
PLOS Biology也是很好的雜誌，2012年度IF=11.452。PLOS One也會經常有生物信息學文章，2012年度IF=4.092。
如果有實驗和數據分析，大多投到生物相關的雜誌，比如genome research, nature genetics, nature等，在method裏面涉及一些生信的方法，連帶把algorithm放出來，供大家使用。所以，不一定非要發到bioinformatics。
因爲如果僅僅是一個算法，比如如何優化read alignment，並不是解決一個生物問題，所以一般發到方法類的journal，只有結合生物實驗分析數據，得到新的結論，有一個完整的story，纔會發到更comprehensive的journal裏面。
除了bioinformatics等最中規中矩的生信刊物(一般純算法會投這種)，視子領域不同（偏statistical genetics/genomics/epigenetics），生信領域研究者的常發的還有
BMC genomics IF ~ 5
NAR(Nucleic acids research) IF ~ 8
Genome Research IF ~10
Nature Genetics IF ~30
Genome biology IF ~10
另外有時也會投 BMC system biology. 一般業內頂級會議（RECOMB,GIW等）最終都會發在bioinformatics/BMC genomics/BMC bioinformatics/NAR之類的期刊上
樓主指的應該是純生物信息的方法類文章吧，這類沒有自己生產的bench data的文章通常不太可能發佈到最最頂尖的雜誌，比如Nature或者Science的主刊。我的經驗是投文章時可以分爲四個梯隊：
第一梯隊：Nature Methods, 只要能發上面基本上就保證了關注度和引用，也會有很多人follow你的方法的；
Genome Research, 很老牌的雜誌了，文章的質量都很高，當然了editor大部分文章都是直接拒的。
Nature Biotechnology,純方法的文章很難發上來的，一般都是很大的組既有方法又有實驗數據。樓主可參見Cufflinks和Tohat那篇文章，很多個co-author，做了非常多的測序實驗來驗證。
Nature Genetics，同樣，很少有純方法的文章，除非你在圈內已有很大影響力，比如CADD那篇文章。上面有一大堆做統計和GWAS的人，感覺不太歡迎machine learning的文章。
第二梯隊：
Genome Biology, 比較新的雜誌，近幾年有一些不錯的文章
Nature Communication, 非常新的雜誌，基本上每期都會有一些生信類的文章。我感覺影響因子在不斷上漲，頂着Nature的頭銜自然不會缺少好文章。我親身的經驗是是審稿週期非常久，不建議需要短時間內發文章畢業的高年級博士。
第三梯隊：
這一類別的雜誌就很多了，Bioinformatics曾經是最好的生信雜誌，近幾年因爲文章數量太多灌水嚴重影響因子有所下降。Nucleic Acid Research也是專業的生信雜誌。除了這些，PloS系列的PloS Genetics和Plos Computational Biology也都是接受生信文章的不錯的雜誌。Human Molecular Biology近幾年也開始接受生信文章。
第四梯隊：
如果樓主被之前所有雜誌都拒了，那基本上在國際上能夠得到認可的雜誌也就不多了。PloSOne和BMC系列是樓主的最後選擇了。如果再往下投，估計說出去都沒人聽過了。。。
單純考慮開發新的algorithm或software的話，能發表在Bioinformatics也是很好的了。
另外如果開發的新的algorithm或software，很好地結合應用實踐，發在CNS及其子刊也不奇怪。
