採用Miniconda3安裝QIIME2於Ubuntu 18.04
0.將系統默認python從python2改爲python3
sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 100
sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3 150
1.安裝miniconda3
# 下載最新版的miniconda3
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 運行安裝程序
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
按安裝過程中提示操作：回車查看許可協議，空格翻頁，輸入yes同意許可；默認安裝目錄爲你的家目錄下~/miniconda3目錄，可回車確認使用此目錄；安裝結束時提示是否添加至你的環境變量~/.bashrc，可以選擇yes或no。
選yes可直接將conda3環境加入環境變量的最高優先級，使用方便，但Python3變爲默認環境，破壞你之前依賴Python2的軟件環境。而選no不添加保證之前軟件安裝環境不變，但運行conda及相關程序時，需要運行一條命令臨時添加~/conda/bin目錄至環境變量，或使用絕對路徑。
以後想要使用conda，需要運行如下命令將conda臨時添加環境變量
export PATH=~/conda/bin:$PATH
如果你剛纔同意添加環境變量，完成後關閉當前終端，新打開一個終端繼續操作才能生效。
2.安裝qiime2-2019.7
#下載軟件安裝列表
wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml
#創建虛擬環境並安裝qiime2防止影響其它已安裝軟件
conda env create -n qiime2-2019.7 --file qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml
#刪除軟件列表
rm qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml
激活工作環境
conda activate qiime2-2019.7
檢查是否安裝成功，彈出幫助程序即成功
qiime --help
關閉工作環境
conda deactivate
本文參考https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/81699397