存儲引擎時MqSQL區別於其他數據庫的一個最重要特性。每個存儲引擎都有各自的特點，能夠根據具體的應用建立不通的存儲引擎表。MySQL的核心是存儲引擎。
MySQL是開源的，可以根據MySQL預定義的存儲引擎接口編寫自己的存儲引擎，也可以通過修改源碼來實現自己想要的特性。
InnoDB存儲引擎
支持事務，主要面向在線事務處理（OLTP）方面的應用。特點是行鎖設計、支持外鍵，默認情況下讀取操作不會產生鎖。
InnoDB通過使用多版本併發控制（MVCC）來獲得高併發性，並且實現了SQL標準的4種隔離級別，默認爲REPEATABLE級別。同時使用一種被稱爲next-key locking的策略來避免幻讀（phantom）現象的產生。此外，InnoDB存儲引擎還提供了插入緩衝（insert buffer）、二次寫（double write）、自適應哈希索引（adaptive hash index）、預讀（read ahead）等高性能和高可用的功能。
對於表中的數據，InnoDB採用了聚集（clustered）的方式，這種方式類似於Oracle的索引聚集表（index organized table，IOT）。每張表的存儲都按主鍵的順序存放，如果沒有顯式的在表定義時指定主鍵，InnoDB存儲引擎會爲每一行生成一個6字節的ROWID，並以此作爲主鍵。
MyISAM存儲引擎
特點是不支持事務、表鎖和全文索引，對於一些OLAP（Online Analytical Processing，在線分析處理）操作速度快。
MyISAM存儲引擎表有MYD和MYI組成，MYD用來存儲數據文件，MYI用來存儲索引文件。
MySQL5.0之前，MyISAM默認支持的表大小爲4G，5.0後，默認支持256T的單表數據。
NDB存儲引擎
一個集羣存儲引擎。特點是數據全部存放在內存中（5.1開始，可以將非索引數據存在磁盤上），主鍵查找速度極快，通過添加NDB數據存儲節點（Data Node）可以線性的提高數據庫性能，是高可用、高性能的集羣系統。
Memory存儲引擎
將表中的數據存放在內存中，如果數據庫重啓或發生崩潰，表中數據將消失。非常適用於存儲臨時數據的臨時表，以及數據倉庫的緯度表。默認使用哈希索引，而不是我們熟悉的B+樹索引。
Memory存儲引擎速度非常快，使用上還是有一定限制。只支持表鎖，併發性能較差，不支持TEXT和BLOB列類型。存儲變長字段是按照定長字段方式進行的，浪費內存。
MySQL數據庫使用Memory存儲引擎作爲臨時表來存放查詢的中間結果。如果中間結果大於Memory存儲引擎的容量設置，又或者中間結果含有TEXT或BLOB列類型字段，則MySQL數據庫會把其轉換到MyISAM存儲引擎表而存放到磁盤。MyISAM不緩存數據文件，因此這時產生的臨時表的性能對於查詢會有損失。
Archive存儲引擎
只支持SELECT和INSERT操作，5.1開始支持索引。非常適合存儲歸檔數據，如日誌信息。