NGLView
NGLview 是Jupyter Notebook的小插件, 可用於交互地可視化分子結構, 可以查看分子動力學軌跡數據. 支持讀取文件數據。
程序的源代碼可以在網上Github裏查看, 同時也可以在PyPI和bioconda內獲取. NGLview在服務器端採用python, 而在客戶端則採用JS來實現, 與Jupyter的整合則通過ipywidgets包實現. 客戶端採用NGL Viewer來提供WebGL的加速分子可視化。
NGLview的主要對象是NGLWidget類, 這個類可以用NGLWidget()來直接構建, 也可以方便地通過讀取數據或其他分子對接來構建. 讀取的數據類型包括Structure, Trajectory和Volume.
NGLview支持多種顯示, 如圖NGL Viewer一樣強大, 可以支持如cartoon, spacefill, 球棍式等等. 由於基於WebGL技術, 分子可視化速度很快很流暢. 借用其API, NGLview可以實現強大的顯示功能, 例如生成截圖, 在notebook中創建多個小部件並同步顯示. 也能支持選擇原子.
NGLview支持從多種庫中讀取結構和軌跡, 包括biopython, ase, cctbx, mdanalysis, pyrosetta, pytraj, rdkit等. 也能直接從PDB數據庫中讀取數據. NGLview已經被AmberTools的pytraj和pdb4amber調用於進行模擬的設置, Notebook的遠程使用, 基本的分子可視化, 軌跡分析等. NGLview也被Molecular Projection Explorer, molPX用於Notebook的分子動力學座標投影. 蛋白蛋白相互作用對接分子包pida 也採用了NGLview來可視化對接結果.
安裝NGLView
#通過conda-forge channel
conda install nglview -c conda-forge
或者
conda upgrade nglview --force
通過pip
pip install nglview
Jupyter Notebook擴展啓用
jupyter-nbextension enable nglview --py --sys-prefix
參考：
https://www.helplib.com/GitHub/article_131683
https://github.com/arose/nglview