企業特色VS管理規範
MES是一種先進的生產管理理念，好的MES系統體現了一種科學、規範、細化的生產管理方法。因此，決策者在選擇MES的時候，實際上也就在企業內引入了一種全新的規範生產管理方法。另一方面，企業生產管理者在多年的經營管理中已經形成了很多適合行業特色、本企業自身特色和本企業領導者特色的生產管理方式，這些方式符合企業自身的文化特色，在生產過程中發揮着很重要的作用。
遵循規範、科學的MES還是堅持靈活的企業特色成爲決策者必須解決的問題，通常有三種答案：
1、完全採用MES先進方法，犧牲企業自身特色;
2、遵循企業生產管理特色，對MES進行“大手術”;
3、既採用MES的先進方法，又滿足企業生產管理特色。
方法1的優點在於實施週期短，系統功能完善;缺點在於生產人員適應週期長。
方法2則相反，實施週期長，系統出錯率高;優點在於生產人員適應週期短。
方法3是一種折中的方法，關鍵在於把握其中的度。通常，成熟的MES產品僅允許不超過20%的定製開發工作量，如何利用好這20%的特色是企業進行MES實施前要仔細規劃的問題。
自主開發VS選擇成熟產品
目前，中國製造企業在進行MES建設時存在兩種模式：一種是選擇成熟產品的諮詢實施模式，一種是自主建設模式。大多數企業選擇的是第一種模式，但是一方面由於中國製造企業管理文化上的特色以及某種落後性，使得MES顯得在中國製造企業水土不服，很多功能模塊無法在企業內部進行推廣;另一方面，市場上一些MES產品在技術和管理思想上的不成熟或缺乏實施經驗，導致企業對MES產品的滿意度比較低。因此，一部分具有很強研發和資金實力的企業選擇了自主開發的模式。
兩者比較起來，自主開發實施週期長，系統維護複雜，但應用見效快;選擇成熟產品，實施週期短，系統維護工作量小，但應用見效慢。但是，選擇自主開發的企業大多具有一定的實施背景條件，如承擔某項大型的科研示範工程，或者在國際合作中引入了某原型軟件並進行消化吸收。對於國內大多數企業來說，選擇成熟產品進行適當二次開發是一種更爲明智的做法。
繼承歷史VS全新實施
很多企業在進行MES選型前，信息化建設不是一片空白，或者已經實施了MES但應用不成功，或者已經有了大量單項應用。面對大量的歷史投資，每個決策者都希望能夠利用好歷史系統，保護投資。希望新實施的MES系統能夠與歷史系統進行接口，利用其中一部分或者全部功能。兼容性是對新建MES系統的基本要求，但兼容的同時新系統也必然會被舊系統拖後腿，這是保護投資必須付出的代價。
因此，究竟是否利用舊系統，如何利用好舊系統，在系統建設前要進行統一評估和規劃。基本原則是：第一，保證實現新建系統的目標;第二，在第一條的前提下儘可能使歷史系統的價值最大化。
