Protel 99 SE的默認字體過大導致不能顯示完全，可以通過改變系統使用的字體和大小來使其正常顯示。具體方法是：單擊File菜單左邊的▼按鈕，在彈出的菜單中選擇Preferences菜單項，進入System Preferences對話框設置系統參數。單擊Change System Font按鈕，進行字體和大小的選擇；
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注意熟記和使用快捷鍵，可以大大提高工作效率；
若不熟悉元件所在的元件庫，可以使用Protel 99 SE系統提供的查找元件的方式找到該元件所在的元件庫，從而完成添加工作；
有時無法從Protel 99 SE系統的元件庫中查找到設計元件，此時需要自行設計新的元件和建立新的元件庫。雙擊設計管理器中的電路原理圖庫文件圖標，即可進入原理圖元件庫編輯器工作界面；
當完成原理圖的設計之後，選擇Design>Create Netlist命令，或者在鼠標右鍵的彈出菜單中選擇Create Netlist命令，將啓動產生同名網絡表的命令，出現Netlist Creation對話框；
元件封裝（Footprint）在原理圖（Schematic）中設置，在印刷電路板（PCB）圖中顯示出來；
元件封裝是指元件放置到PCB中所表示的外框和焊點位置。因爲元件封裝的統一，使取用元件的引腳和PCB的焊點位置對應，從而保證整個PCB按照電路設計的方式連接和工作；
當某個元件的封裝在PCB的標準封裝庫中不存在時，應該手工製作自己的封裝庫添加到項目中，封裝的具體尺寸應使用千分尺實際測量元件後取得。而在PCB圖中可以使用Reports>Measure Distance來測量圖中任意兩點之間的直線距離；
當手工製作自定義封裝時，注意焊盤的編號和元件的引腳編號要一致，否則會在向PCB中導入網絡表時報錯；
飛線的作用在於指導實際導線的佈置，並沒有電氣上的意義，也可以稱之爲預拉線；
PCB中的自動佈線不可用，應該手工佈線，佈線時應注意一些抗干擾的規則，需要經驗的積累；
PCB中，在放置敷銅（快捷鍵Alt + P + G）時，Plane Settings選項組中的Grid Size文本框用於設置敷銅多邊形的格點間距，即敷銅的密度，Track Width文本框用於設置敷銅的銅膜線寬度。當銅膜線的寬度小於格點間距時，放置的敷銅將呈格點狀。當銅膜線的寬度大於格點間距時，放置的敷銅將呈塊狀。
