1、神經元樹突標誌物：微管相關蛋白Microtubule-associated protein-2(MAP-2)：Neuron Dendrite-specific MAP; protein found specifically in dendritic branching of neuron 是組成神經元細胞骨架的重要組成成分，包括：MAP5、MAP1.2和MAP1三種不同類型。在神經系統發育、形成和再生過程的不同時期扮演着重要的角色。其中MAP5爲早期微觀相關蛋白，在胚胎期和新生動物大腦中有較高表達，並隨大腦的逐漸成熟而退化，對神經元突起的生長具有重要的引導作用。MAP2包括三種亞型：MAP2a、MAP2b和MAP2c。其中MAP2b和MAP2c出現較早。隨着年齡的增長MAP2被組織蛋白酶D所降解，在不同類型的神經元中表達量存在差異。
2、神經元早期標誌物：tubulin ：Neuron Important structural protein for neuron; identifies differentiated neuron Nervous System微管蛋白爲球形分子, 分爲兩種類型:a微管蛋白(a-tubulin)和β微管蛋白(β-tubulin), 這兩種微管蛋白具有相似的三維結構, 能夠緊密地結合成二聚體, 作爲微管組裝的亞基，能夠聚合並且參與細胞分裂。a和β微管蛋白各有一個GTP結合位點, 位於a亞基上的GTP結合位點, 是不可逆的結合位點，結合上去的GTP不能被水解，也不能被GDP替換。位於β亞基上的GTP結合位點結合GTP後能夠被水解成GDP，所以這個位點又稱爲可交換的位點(exchangeable site,E位點)。β-III Tubulin又名tubulin β-4，是原始神經上皮中所表達的最早的神經元標誌物之一。其作爲神經元特有標誌物，被廣泛應用於神經生物學研究；Noggin： Neuron A neuron-specific gene expressed during the development of neurons；Neurosphere Embryoid body ： ES Cluster of primitive neural cells in culture of differentiating ES cells; indicates presence of early neurons and glia。
3、神經元標誌物：Neurofilament(NF)： Neuron Important structural protein for neuron; identifies differentiated neuron是神經元所特有的中間絲蛋白(10-12nm)，分爲NF-L(68 kDa)、NF-M(160 kDa) 和NF-H (200 kDa)三種不同類型的蛋白。它們與其他中間絲蛋白相互聚合形成網絡，是構成神經元骨架的主要成分。發育過程中，Neurofilaments上的一些不同的位點會出現磷酸化和糖基化，而這些改變對於其參與細胞內物質轉運的生物學功能具有重要的意義；NeuN：成爲識別神經元標準的免疫細胞化學標誌物；NSE ：Neuronal specific enolase。
4、突觸標記物：Synaptophysin ：Neuron Neuronal protein located in synapses; indicates connections between neurons；synaptotagmins：是位於突觸囊泡上的膜蛋白，在由Ca2+ 信號介導的突觸囊泡轉運和泡吐過程起着重要的作用。Ca2+ 與synaptotagmins結合引起突觸囊泡中神經遞質的釋放。另外，有研究證實：Ca2+依靠的synaptotagmins與相關受體（如neurexins、syntaxinAP2）之間的相互作用會導致蛋白激酶C的激活。作爲突觸特異性標誌物，synaptotagmins在科研中被廣泛使用。
