剛剛接觸SPM，寫一下學習筆記。。。
SPM，即統計參數圖，也是這個軟件的最終輸出，它是由英國倫敦大學的Friston教授等人在通用數學軟件包Matlab基礎上開發的軟件系統，其統計功能非常強大，設計這個軟件包的初衷是採用統計的方法來處理fMRI，PET和SPECT的數據。用SPM進行數據處理分析過程主要分爲兩大部分：預處理過程和統計分析過程。
運行環境：Matlab 2009a
先寫一下SPM8的安裝：有必要說一下SPM實際不是一個獨立的軟件，它相當於一個用Matlab程序編寫的工具箱，必須依賴Matlab的環境完成其功能。言歸正傳，首先將下載好的SPM8程序包導入Matlab，複製整個spm8文件夾到MATLAB的安裝路徑：MATLAB\R2009a\toolbox\下。然後運行Matlab，在其主窗口選擇File->set path->Add with Subfolders->spm8->save->close。設置完成後在Matlab中執行命令>>spm fmri。這樣出現了spm8的操作界面（如下圖），這也表示spm8安裝成功！
我們稱左上側的窗口爲按鈕窗口(button window)，左下側的窗口爲輸入窗口(input window)，右側大窗口爲樹形結構窗口或圖形窗口(Tree Building Window or the graphics window)。
一、數據準備
爲方便後續的數據處理，如果數據分散處理後整合，建議所有處理數據路徑保持一致，要統一路徑。如原始DICOM圖像放在rawdata文件夾中，data文件夾存放轉換後的功能像，data3D文件夾中存放轉換後的結構像。處理前首先要採用數據轉換軟件將dicom數據轉換成SPM解析格式，轉換時格式請選擇NIfTI，可用SPM輸入面板中的DiCOMImport模塊轉換，也可以採用專門的轉換軟件，如MRIcovert。然後進行數據預處理，預處理結束後到matlab安裝目錄中備份spm*.ps文件，其中包含了空間校正和標準化的信息，然後進行建模分析。
轉換後data文件夾中會有多個.img（圖像數據）和.hdr（矩陣數據）；data3D文件夾中只有一個.img和.hdr文件。
二、數據處理流程
1、Slice Timing時間層校正
Slice Timimg用來校正1個volume中層與層之間獲取(採集)時間的差異，對事件相關設計的實驗尤爲重要。我們在按鈕窗口中的預處理面板中點擊“Slice Timimg”，將出現一個對話框，修改其中參數：
Data：New：Session
Session：選擇你要處理的數據，如文件夾data中的所有數據
Number of Slices：我們輸入每禎圖像的層數，如“32”（可以在spm8->Display->data：.img->done->Dimensions:64*64*32中查看）
TR：我們輸入重複時間，一般爲2秒，我們輸入“2”
TA：是每禎圖像獲取第一層開始到獲取最後一層圖像的時間間隔，TR-TR/nslice，可直接輸入公式，如我們輸入“2-2/32”
Slice order：我們輸入“1:2:31 2:2:32”（圖像是隔層掃描所得到的）。指定層獲取順序的層次序參數是一個含N個數的向量，這裏N是每個volume所含的層數。每一個數表示該層在圖像(volume)中的位置。向量內的數字排列順序是這些層的獲取時間順序。如行向量[1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 24 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24](在Matlab中可表示爲[1:2:25,2:2:25])
Reference Slice：我們輸入“31”。選擇參考層，通常選擇nslice/2，如25層時選擇13層作爲參考層。
Filename Prefix：是指新生成的圖像前加何標記，一般採用默認設置。默認爲a
最後點擊面板上方的向右的綠色三角即開始運行。運行完後將會生成一系列a*.img文件，這就是時間校準後的數據。
注意：很多研究者容易將時間校準和空間校準順序顛倒，一般的觀點是如果圖像獲取是隔層（interleaved）進行的，如1、3、5、7、9、2、4、6、8、10，則要先進行slice timing再進行realign，如果圖像各層是連續(sequential)獲取的，如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10，則要先進行realign再做slice timing。
先寫到這吧。。。
