Circos 教程___001

安裝篇

官方安裝指導資料
寂寞先生___Circos教程系列

由於官方文檔基於 Ubuntu和windows給出安裝指導，而我平時使用的系統CentOS6.5，所以不得不進行如下操作：

perl -v
### This is perl, v5.10.1 (*) 
 which perl
### /usr/bin/perl

sudo yum install gd gd-devel
#查看哪些模塊需要被安裝
cd software/circos-0.69-5/bin
./list.modules 

#或者查看哪些模塊未被安裝
circos -modules |grep missing
### missing            Params::Validate

sudo perl -MCPAN -e shell
#安裝缺失的模塊
cpan> install Params::Validate
cpan> install Module::Build

#同時安裝多個缺失模塊
cpan> install Carp Config::General Cwd Data::Dumper Digest::MD5 File::Basename File::Spec::Functions File::Temp FindBin Font::TTF::Font GD GD::Image Getopt::Long IO::File List::MoreUtils List::Util Math::Round Math::Trig Math::VecStat Memoize Params::Validate Pod::Usage POSIX Readonly Regexp::Common Statistics::Basic Storable Sys::Hostname Text::Balanced Text::Format Time::HiRes

cpan>
#由於cpan下安裝Params::Validate還是安裝失敗，可能是依賴關係導致的？
#之後就卸載了該模塊，重新用yum安裝了，很神奇，I MADE IT!!!
sudo yum search perl-Params-Validate
sudo yum install perl-Params-Validate.x86_64

#環境變量的設置
echo 'export PATH="/path/software/circos-0.69-5/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile

#成功之後,運行命令,如果顯示如下的信息，則你成功的安裝了Circos。
circos -man

perl 一些基本命令

#列出每個安裝的模塊的信息
perldoc perllocal

#列出安裝的模塊
perldoc -t perllocal |grep "Module"

#查看perl模塊使用的默認位置
perl -V

#查看所有模塊和庫的安裝目錄
perl -e 'print join "\n",@INC'

#刪除已安裝的perl模塊（1）
##找到所有模塊和庫的安裝目錄，到這些目錄下找到對應的pm刪除掉就可以了
#刪除已安裝的perl模塊（2）
##首先安裝模塊App::pmuninstall
cpan> install App::pmuninstall
#再利用此模塊中的工具卸載模塊，但此工具僅支持部分模塊的卸載
pm-uninstall Params::Validate

#獲得幫助　 
cpan> h　 

#列出CPAN上所有模塊的列表　 
cpan> m　 

#根據關鍵字在CPAN上查找某個模塊：
cpan> i /scws/

#退出　 
cpan> q　

未完待續~