fasta轉成txt

fasta轉成txt

有的時候需要將fasta格式的序列文件轉換成以tab鍵分割的txt文件

寫了一個簡單的命令。用法如下：

fasta2txt -i input.fa -o out.txt

代碼如下

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
__author__ = "Sheng-Wei Ma"

import click   #需要你的電腦安裝click包

@click.command()
@click.option('-i', type=click.File('rb'), help='fasta file')
@click.option('-o', type=click.File('w'), help='txt file')


def fasta2txt(i, o):
    for line in i:
        if line.startswith(">"):
            lin = line.strip().split()[0][1:]
            o.writelines('\n' + lin + '\t')
        else:
            o.writelines(line.strip())

if __name__=='__main__':
    fasta2txt()

別忘了上述代碼保存爲fasta2txt，並修改權限使之可運行，最後可將文件放在系統全局環境變量下。