原创 推薦：蛋白在線比對網站
推薦：蛋白在線比對網站 https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/ 提交一條蛋白序列去調取數據庫中庫相似的蛋白序列。結果與blastp結果類似。但是比blastp結果多出來很多其他的東西，比如，結構域檢測
2020-02-22 19:43:24
原创 MOSAIK安裝
MOSAIK安裝 1、下載 git clone https://github.com/wanpinglee/MOSAIK.git 2、安裝 進入src文件夾，然後 make #注意如果靜態庫沒有安裝可使用 yum install
2020-02-22 19:43:24
原创 Mikado - pick your transcript
Mikado - pick your transcript: a pipeline to determine and select the best RNA-Seq prediction Mikado is a lightweig
2020-02-22 19:43:24
1
原创 makeblastdb注意事項
makeblastdb注意事項 本地blast，需要自行構建數據庫。那麼就要用到makeblastdb。這個命令很簡單。 USAGE makeblastdb [-h] [-help] [-in input_file] [-in
2020-02-22 19:43:24
原创 非參數檢驗
非參數檢驗 非參數檢驗是在總體方差未知或知道甚少的情況下，利用樣本數據對總體分佈形態等進行推斷的方法。R語言可以進行各種不同的非參數檢驗，如Mann-Whitney U, Wilcoxon Signed Rank, Kruskal
2020-02-22 19:43:24
原创 轉座子可抑制mRNA翻譯
3月3日，《Nature Communications》在線發表了熊立仲課題組題爲 “Translational repression by a miniature inverted-repeat transposable e
2020-02-22 19:43:24
原创 水稻廣譜與持久抗稻瘟病基因位點Pigm的抗病機制
水稻廣譜與持久抗稻瘟病基因位點Pigm的抗病機制 剛剛看到《科學》在線發表了何祖華研究組題與合作者完成的關於水稻持久廣譜抗病的最新研究成果爲“Epigenetic regulation of antagonistic rece
2020-02-22 19:43:24
原创 RNA_Seq差異表達分析流程
RNA_Seq差異表達分析流程 1、數據下載 ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR122/005/SRR1228245/SRR1228245_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/v
2020-02-22 19:43:24
原创 根據GFF3文件統計外顯子大小和數量以及內含子大小
### 根據GFF3文件統計外顯子大小和數量以及內含子大小 with open('TSG.gff3', 'r') as f: for line in f: lin = line.strip().split(
2020-02-22 19:43:24
1
原创 GFF3 TO GTF
GFF3 TO GTF gff3格式是使用gmap軟件得到的。 輸入文件gff3的格式如下： chr1A IWGSCv1.0_gmap gene 11740 12074 . + . ID=TRIAE
2020-02-22 19:43:24
原创 遺傳圖譜比較
### 遺傳圖譜比較或者遺傳圖和物理圖譜比較 今天在Bioinformatics雜誌上看到一篇關於遺傳圖譜之間比較的文章，感覺不錯，特介紹如下。 題目是：The Genetic Map Comparator: a user-
2020-02-22 19:43:24
3
原创 GC content
計算核酸序列的GC含量 （GC content） #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- __author__ = 'shengwei ma' __author_email__
2020-02-22 19:43:24
原创 fasta轉成txt
fasta轉成txt 有的時候需要將fasta格式的序列文件轉換成以tab鍵分割的txt文件 寫了一個簡單的命令。用法如下： fasta2txt -i input.fa -o out.txt 代碼如下 #!/usr/bin/en
2020-02-22 19:43:24
39
原创 二代測序短序列mapping新選擇：Magic-BLAST
Magic-BLAST is a tool for mapping large next-generation RNA or DNA sequencing runs against a whole genome or transc
2020-02-22 19:43:24
2
原创 ABySS2.0安裝及使用
shengweima@iCloud。com ABySS ABySS is a de novo sequence assembler intended for short paired-end reads and large ge
2020-02-22 19:43:24
1