常用的數據庫操作包括：JDBC、EJB、JDO以及Hibernate。它的各有優缺點：
(1) JDBC：多數Java開發人員是用JDBC來和數據庫進行通信，它可以通過DAO模式進行改善和提高。但這種方式在大型應用程序中不容易操作使用，且維護起來相當困難。
(2) EJB：EJB通常是在數據持久技術上的第二個選擇，它是通過entitybeans來對數據進行持久化。首先就需要購買一個價位合理的EJB容器一J2EE應用服務器，也可以採用開源項目的免費EJB容器，比如JBOSS。但是很多商業EJB容器的性能和技術支持不太好，在EJB中實現JDBC也比較複雜。
(3) JDO：JDO的出現似乎有了一些改觀，但是，JDO沒有一個好的開源免費實現。好的產品部是商業產品，並且在國內沒有銷售和技術支持。JDO也不是一個輕量級封裝．它建立的持久層框架，很不完善。再加上JDO的標準還很不完善以及嚴重的產品分裂問題，使得很多操作方式很是煩瑣。
(4) Hibernate：Hibernate這種持久框架在某些方面有很大的不同，它不需要任何容器，提供簡單易用的API，也解決了JDO的很多缺陷。作爲一個良好的ORM ，它有如下特點：
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透明地提供對象與關係數據庫的映射，以統一的接口方式支持多種數據庫。
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緩存機制，複雜的緩存機制和鎖定策略，使針對數據庫操作大大減少。
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開源免費的License，可以在需要的時候研究源代碼，改寫源代碼，進行功能的定製。
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輕量級封裝，避免引入過多複雜的問題，容易調試，減輕程序員的負擔。
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具有可擴展性，API開放，當本身功能不夠用的時候，可以自行編碼擴展。
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開發者活躍，產品有穩定的發展保障。