目錄樹可以分爲小的部分，每個部分可以在自己的磁盤或分區上。
1. /根目錄
根目錄一般不包含任何文件，除了可能的標準的系統引導鏡像，通常叫做/vmlinuz。其他所有的文件都在根目錄的子目錄中。
/bin 引導啓動所需的命令或普通用戶可能用的命令（可能引導啓動後）
/sbin 類似/bin，但不給普通用戶使用，雖然如果必要且允許時可以使用
/etc 特定機器的配置文件
/root root用戶的家目錄
/lib 根文件系統上程序所需的共享庫
/lib/modules 核心可加載模塊，特別是那些恢復損壞系統是引導所需的（例如網絡和文件系統驅動）
/dev 設備文件
/tmp 臨時文件。引導啓動後運行的程序應該使用/var/tmp,而不是/tmp,因爲前者可能在一個擁有更多間的磁盤上。
/boot 引導加載器（bootstraploader）使用的文件，如LILO、grub。 核心映像也經常在這裏，而不是根目錄。要確保核心映像必須在IDE硬盤的前1024柱面內。
/mnt 系統管理員臨時mount的掛載點。程序不會自動安裝到/mnt。
2. /etc 目錄
/etc目錄包含很多文件。許多網絡配置文件也在/etc中。
/etc/rcor,/etc/rc.dor,/etc/rc*.d 啓動或改變運行級別時運行的scripts或scripts的目錄。
/etc/passwd 用戶數據庫，其中給出了用戶名、真實姓名、家目錄、加密的口令和用戶的其他信息。
/etc/fdprm 軟盤參數表。說明不同的軟盤格式，用setfdprm設置。
/etc/fstab 啓動時mount -a 命令自動mount的文件系統列表。在linux下，也包括swapon -a 啓動的swap區信息。
/etc/group 系統用戶組文件
/etc/inittab init的配置文件
/etc/issue getty在登錄提示符前的輸出信息。通常包括系統的一段短說明信息或歡迎信息。
/etc/magic file命令的配置文件。包含不同文件格式的說明，file命令基於它猜測文件類型
/etc/motd Message Of The Day，成功登錄後自動輸出。內容由系統管理員確定。它經常用於通告信息，如計劃關機時間的警告。
/etc/shadow 安裝了影子口令軟件的系統上的影子口令文件。影子口令文件將/etc/passwd文件中的加密口令移動到/etc/shadow中，後者只對root可讀。
/etc/login.defs login命令的配置文件
/etc/printcap 類似/etc/termcap，但是針對打印機，語法不通。
/etc/profile,/etc/csh.login/,/etc/csh.cshrc 登錄或啓動時Bourne或Cshells執行的文件。爲所有用戶建立全局默認環境。
/etc/securetty 確認安全終端，即那個終端允許root登錄。一般只列出虛擬控制檯，這樣就不可能（至少很困難）通過modem或網絡闖入系統，並得到超級用戶特權。
/etc/shells 列出可信任的shell。chsh命令允許用戶在本文件指定範圍內改變登錄shell。FTP服務進程也檢查用戶的shell是否列在/etc/shells文件中，如果不是，就不允許該用戶登錄。
/etc/termcap 終端性能數據庫。說明不同的終端用什麼“轉義序列”控制。寫程序時不直接輸出轉義序列（這樣只能工作與特定品牌的終端），而是從/etc/termcap中查找要做的工作的正確序列。
3. /dev 目錄
/dev目錄包括所有設備的設備文件。設備文件用特定的約定命名。
4. /usr 目錄
/usr文件系統經常很大，因爲所有的程序都安裝在這裏。 本地安裝的程序和其他東西在/usr/local下。
/usr/bin幾乎所有用戶命令。有些命令在/bin或/usr/local/bin中。
/usr/sbin 根文件系統不必要的系統管理命令，例如多數服務程序
/usr/include C語言的頭文件。爲了一致性，這實際上應該在/usr/lib下，但因爲一些歷史原因而位於這裏。
/usr/lib 程序或子系統不變的數據文件，包括一些site-wide配置文件。lib=library，編程的原始庫在這裏。
/usr/local 本地安裝的軟件和其它軟件。
5 /var 目錄
/var 包括系統運行時經常改變的數據。不與其他計算機共享。
/var/lib 系統正常運行時要改變的文件。
/var/local 存放/usr/local中安裝的程序的可變數據。注意：如果必要，即使本地安裝的程序也會使用其他/var目錄，例如/var/lock。
/var/lock 鎖定文件。許多程序遵循在/var/locak中產生一個鎖定文件的約定，以保護它們在使用的某個特定的設備或文件。其他程序注意到這個鎖定文件，將不試圖使用這個設備或文件。
/var/log 各種程序的log文件，特別是login（/var/log/wtmp 所有到系統的登錄和註銷）和syslog（/var/log/messages裏面存儲所有核心和系統程序信息）。/var/log裏的文件經常不確定的增長，應該定期清除。
/var/run 保存下次引導前有效的關於系統的信息文件。/var/run/utmp 包含當前登錄的用戶信息。
/var/spool mail、news、打印隊列和其他隊列工作的目錄。每個不同的spool在/var/spool下有自己的子目錄，例如,用戶的郵箱在/var/spool/mail中。
/var/tmp 比/tmp 允許的大或需要存在較長時間的臨時文件，雖然系統管理員可能不允許/var/tmp有很舊的文件。
6 /proc 目錄
/proc是一個虛擬的目錄，它不存在某個磁盤上，而是由內核在內存中產生，用於提供關於系統的信息。
/proc/1 關於進程1的信息目錄。每個進程在/proc目錄下有一個名爲其進程號的目錄
/proc/cpuinfo 出路器信息，如類型、製造商、性高、性能等。
/proc/devices 當前運行的核心配置的設備驅動列表
/proc/dma 顯示當前使用的DMA通道
/proc/filesystems 核心配置的文件系統
/proc/interrupts 顯示使用的中斷
/proc/ioports 當前使用的I/O端口
/proc/kcore 系統物理內存映像。與物理內存大小完全一樣，但不實際佔用這麼多的內存。
/proc/kmsg 內核輸出的消息，也被送到syslog
/proc/ksyms 核心符號表
/proc/loadavg 系統“平均負載”：3個指示器指出系統當前工作量
[root@web1 ~]# cat /proc/loadavg0.00 0.00 0.00 1/232 9298
/proc/meminfo 內存使用信息，包括swap
/proc/modules 當前加載了哪些核心模塊
/proc/net 網絡協議狀態信息
[root@web1 ~]# cat /proc/net/anycast6 ip6_flowlabel ip_tables_targets protocols snmp udplitearp ip6_mr_cache ipv6_route psched snmp6 udplite6connector ip6_mr_vif mcfilter ptype sockstat unixdev ip6_tables_matches mcfilter6 raw sockstat6 wirelessdev_mcast ip6_tables_names netfilter/ raw6 softnet_stat xfrm_statdev_snmp6/ ip6_tables_targets netlink route stat/icmp ip_mr_cache netstat rpc/ tcpif_inet6 ip_mr_vif nf_conntrack rt6_stats tcp6igmp ip_tables_matches nf_conntrack_expect rt_acct udpigmp6 ip_tables_names packet rt_cache udp6
/proc/self 查看/proc的程序的進程目錄的符號鏈接。
/proc/stat CPU的實時負載信息
/proc/uptime 系統啓動的時間長度
/proc/version 內核版本
/proc/cmdline 系統啓動時輸入的內核命令行參數
通過/proc與內核交互
/proc/sys/ 目錄存放着所有的可讀寫文件，可被用於改變內核的行爲。
例如：
/proc/sys/kernel/{domainname,hostname} 存放着主機的域名和主機名，這些文件可用於修改這些名字。
/proc/sys/net/ 所有的網絡屬性配置
總結： /proc 文件系統 提供了一個基於文件的linux內部接口，它可以確定系統的各種不同設備和進程的狀態，用戶能夠從/proc 中獲取系統和進程信息，也能夠通過/proc操縱系統.