Conda的使用

• conda
  • 使用之前
  • 基本使用
  • conda 安裝特定版本
  • 使用 Conda 管理 Python 虛擬環境
  • 創建虛擬環境
  • 激活和退出虛擬環境
  • 刪除虛擬環境
  • 列出安裝的虛擬環境
  • 更好的安裝方式
  • 複製一個虛擬環境
  • 導出一個環境
  • requirement.txt
  • 參考連接

conda

Conda 是一個開源的軟件包管理系統和環境管理系統，用於安裝多個版本的軟件包及其依賴關係，並在它們之間輕鬆切換。

使用之前

• 添加清華的鏡像源 詳細步驟看這裏 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

• 總之是在用戶目錄下的 .condarc 文件裏添加 鏡像源的頻道。

• 要添加官方的源

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

• 顯示安裝的頻道

conda config --set show_channel_urls yes 

• 查看已經添加的channels

conda config --get channels

基本使用

conda search gatk # 搜索軟件包
conda list # 查看已安裝軟件
conda update gatk # 更新指定軟件
conda remove gatk # 卸載指定軟件

conda 安裝特定版本

如需要安裝特定的版本:

conda install gatk=3.7
conda install 軟件名=版本號

這時conda會先卸載已安裝版本，然後重新安裝指定版本。

conda install tensorflow=1.15

使用 Conda 管理 Python 虛擬環境

Python 中的虛擬環境是將一個項目所依賴的庫文件獨立存放在某個地方的工具。 > 可選， virtualenv 來創建虛擬環境

# conda env --help
conda-env -h

創建虛擬環境

conda create --name py-35
# conda-env create -n py-35 # 需要指定environment.yaml 文件

激活和退出虛擬環境

# source activate py-35 
conda activate py-35
# source deactivate

在這個虛擬環境下，我們所用的python 環境（解釋器）是默認的，但是庫文件已經是只是在這個虛擬環境裏的了。

conda install click

刪除虛擬環境

conda remove --name py-35 --all
conda remove -n py-35 --all
# conda-env remove --name py-53

列出安裝的虛擬環境

conda env list
# conda-env list

更好的安裝方式

• 在建立虛擬環境時直接指定 Python 的版本

# conda-env create -n test-py35 python=3.5
conda create -n test-py35 python=3.5

conda-env list

複製一個虛擬環境

conda create --name test-py352 --clone test-py35

導出一個環境

source activate test-py35
conda env export > environment.yaml
# conda-env create -f environment.yml  # 複製出虛擬環境

requirement.txt

我們可以通過 freeze 環境包前當前的狀態來保證環境的一致性

pip freeze > requirement.txt
# pip install -r requirement.txt

參考

conda的安裝與使用（2019-6-28更新）
《python 機器學習實戰》