MySQL數 據庫引擎取決於MySQL在安裝的時候是如何被編譯的。要添加一個新的引擎，就必須重新編譯MYSQL。在缺省情況下，MYSQL支持三個引擎：ISAM、MYISAM和HEAP。另外兩種類型INNODB和BERKLEY（BDB），也常常可以使用。如果技術高超，還可以使用MySQL++ API自己做一個引擎。下面介紹幾種數據庫引擎：
ISAM：ISAM是一個定義明確且歷經時間考驗的數據表格管理方法，它在設計之時就考慮到 數據庫被查詢的次數要遠大於更新的次數。因此，ISAM執行讀取操作的速度很快，而且不佔用大量的內存和存儲資源。ISAM的兩個主要不足之處在於，它不 支持事務處理，也不能夠容錯：如果你的硬盤崩潰了，那麼數據文件就無法恢復了。如果你正在把ISAM用在關鍵任務應用程序裏，那就必須經常備份你所有的實 時數據，通過其複製特性，MYSQL能夠支持這樣的備份應用程序。
MyISAM：MyISAM是MySQL的ISAM擴展格式和缺省的數據庫引擎。除了提供ISAM裏所沒有的索引和字段管理的大量功能，MyISAM還使用一種表格鎖定的機制，來優化多個併發的讀寫操作，其代價是你需要經常運行OPTIMIZE TABLE命令，來恢復被更新機制所浪費的空間。MyISAM還有一些有用的擴展，例如用來修復數據庫文件的MyISAMCHK工具和用來恢復浪費空間的 MyISAMPACK工具。MYISAM強調了快速讀取操作，這可能就是爲什麼MySQL受到了WEB開發如此青睞的主要原因：在WEB開發中你所進行的大量數據操作都是讀取操作。所以，大多數虛擬主機提供商和INTERNET平臺提供商只允許使用MYISAM格式。MyISAM格式的一個重要缺陷就是不能在表損壞後恢復數據。
HEAP：HEAP允許只駐留在內存裏的臨時表格。駐留在內存裏讓HEAP要比ISAM和MYISAM都快，但是它所管理的數據是不穩定的，而且如果在關機之前沒有進行保存，那麼所有的數據都會丟失。在數據行被刪除的時候，HEAP也不會浪費大量的空間。HEAP表格在你需要使用SELECT表達式來選擇和操控數據的時候非常有用。要記住，在用完表格之後就刪除表格。
InnoDB：InnoDB數據庫引擎都是造就MySQL靈活性的技術的直接產品，這項技術就是MYSQL++ API。在使用MYSQL的時候，你所面對的每一個挑戰幾乎都源於ISAM和MyISAM數據庫引擎不支持事務處理（transaction process）也不支持外來鍵。儘管要比ISAM和 MyISAM引擎慢很多，但是InnoDB包括了對事務處理和外來鍵的支持，這兩點都是前兩個引擎所沒有的。如前所述，如果你的設計需要這些特性中的一者 或者兩者，那你就要被迫使用後兩個引擎中的一個了。
MySQL 官方對InnoDB是這樣解釋的：InnoDB給MySQL提供了具有提交、回滾和崩潰恢復能力的事務安全（ACID兼容）存儲引擎。InnoDB鎖定在行級並且也在SELECT語句提供一個Oracle風格一致的非鎖定讀，這些特色增加了多用戶部署和性能。沒有在InnoDB中擴大鎖定的需要，因爲在InnoDB中行級鎖定適合非常小的空間。InnoDB也支持FOREIGN KEY強制。在SQL查詢中，你可以自由地將InnoDB類型的表與其它MySQL的表的類型混合起來，甚至在同一個查詢中也可以混合。
InnoDB是爲處理巨大數據量時的最大性能設計，它的CPU效率可能是任何其它基於磁盤的關係數據庫引擎所不能匹敵的。
InnoDB存儲引擎被完全與MySQL服務器整合，InnoDB存儲引擎爲在主內存中緩存數據和索引而維持它自己的緩衝池。InnoDB存儲它的表＆索引在一個表空間中，表空間可以包含數個文件（或原始磁盤分區）。這與MyISAM表不同，比如在MyISAM表中每個表被存在分離的文件中。InnoDB 表可以是任何尺寸，即使在文件尺寸被限制爲2GB的操作系統上。
InnoDB默認地被包含在MySQL二進制分發中。Windows Essentials installer使InnoDB成爲Windows上MySQL的默認表。
InnoDB被用來在衆多需要高性能的大型數據庫站點上產生。著名的Internet新聞站點Slashdot.org運行在InnoDB上。 Mytrix, Inc.在InnoDB上存儲超過1TB的數據，還有一些其它站點在InnoDB上處理平均每秒800次插入/更新的
一般來說，MyISAM適合：(1)做很多count 的計算；(2)插入不頻繁，查詢非常頻繁；(3)沒有事務。InnoDB適合：(1)可靠性要求比較高，或者要求事務；(2)表更新和查詢都相當的頻繁，並且表鎖定的機會比較大的情況。
一般情況下，MySQL會默認提供多種存儲引擎，可以通過下面的查看:
（1）看你的MySQL現在已提供什麼存儲引擎: mysql> show engines;
（2）看你的MySQL當前默認的存儲引擎: mysql> show variables like '%storage_engine%';
（3）你要看某個表用了什麼引擎(在顯示結果裏參數engine後面的就表示該表當前用的存儲引擎): mysql> show create table 表名;