conda簡介
Conda 是一個開源的軟件包管理系統和環境管理系統，用於安裝多個版本的軟件包及其依賴關係，並在它們之間輕鬆切換。 Conda 是爲 Python 程序創建的，適用於 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分發其他軟件。
安裝conda
conda分爲anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本（這裏的常用不代表你常用 微笑.jpg），miniconda則是精簡版，需要啥裝啥，所以推薦使用miniconda。
下載網址
miniconda官網
https://conda.io/miniconda.html
選擇適合自己的版本，用wget命令下載。
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
這裏選擇的是latest-Linux版本，所以下載的程序會隨着python的版本更新而更新（現在下載的版本默認的python版本已經是3.7了）
安裝命令：
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #給執行權限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #運行
注意，以前的教程都是教一路yes下來的，但是會有隱患，特別是當你的服務器之前有安裝過軟件的話，conda會污染你原來的環境，把你原來設置好的東西進行更改。
所以在詢問是否將conda加入環境變量的時候選擇no。當然對於用於學習得測試環境或者新手來說，yes會更方便一些。
啓動conda
在上一步選擇no之後，輸入conda是會報找不到此命令的。那要如何啓動呢？
找到你剛纔安裝的miniconda，如果沒有更改過安裝位置的話應該是在/home下面，cd到miniconda3的bin目錄下面，能看到有一個activate。
activate
這裏需要給activate添加一下權限才能使用
chmod 777 activate
接下來啓動conda
source ./activate
成功啓動conda
當命令行前面出現(base)的時候說明現在已經在conda的環境中了。這時候輸入conda list 命令就有反應了
conda list
添加頻道–更多包得來源
官方channel：
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
官方的話這兩個channel應該就夠了的。
還有其他可以添加得channel如下:
conda config --add channels genomedk
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/peterjc123/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/pytorch/
顯示安裝的頻道
conda config --set show_channel_urls yes
查看已經添加的channels
conda config --get channels
已添加的channel在哪裏查看
vim ~/.condarc
利用conda安裝生物信息軟件
安裝命令:
conda install gatk
搜索需要的安裝包:
提供一個網址,用於事先查找想安裝的軟件存不存在
conda available packages
當然, 也可以用這個命令進行搜索
conda search gatk
安裝完成後，可以用“which 軟件名”來查看該軟件安裝的位置：
which gatk
如需要安裝特定的版本:
conda install 軟件名=版本號
conda install gatk=3.7
這時conda會先卸載已安裝版本，然後重新安裝指定版本。
查看已安裝軟件:
conda list
更新指定軟件:
conda update gatk
卸載指定軟件:
conda remove gatk
退出conda環境
退出也很簡單，之前我們是source ./activate 或者 (. ~/miniconda3/bin/activate)現在退出只要:
source ./deactivate
就退出當前的環境了
創建軟件的軟鏈接
跟着命令一路敲到這裏的小旁友們估計發現了，現在退出conda環境之後之前安裝的軟件全都GG了，敲命令沒法執行了！
怎麼辦呢！其實只要把安裝好的軟件軟連接到一個處在環境變量裏的位置就可以使用了。三步走：
第一步，創建一個文件夾
比如在/home目錄下創建一個soft文件夾
第二步，將這個文件夾添加到環境變量中
export PATH="~/soft:$PATH"
第三步，軟鏈接
ln -s ~/miniconda3/bin/gatk ~/soft
這樣就可以運行啦~如果還是不行建議試試初始化一下bashrc：
source ./bashrc
創建conda環境
之前創建的時候顯示的是（base）這是conda的基本環境，有些軟件依賴的是python2的版本，當你還是使用你的base的時候你的base裏的python會被自動降級，有可能會引發別的軟件的報錯，所以，可以給一些特別的軟件一些特別的關照，比如創建一個單獨的環境。
在conda環境下，輸入命令查看當前存在的環境：
conda env list
或者
conda info --envs
一般一開始只有一個base環境
conda create -n python2 python=2
-n: 設置新的環境的名字爲python2
第二個python=2 是指定新環境的python的版本
conda會創建一個新的python2的環境，並且會很溫馨的提示你只要輸入conda activate python2就可以啓動這個環境了
退出環境
如上面的截圖提到的，只要
conda deactivate
刪除環境
刪除也很容易的
conda remove -n myenv --all
就可以退出當前環境。
掌握了創建和刪除我們就可以實現重命名的操作了
重命名環境
實際上conda並沒有提供這樣的功能，但是可以曲線救國，原理是先克隆一個原來的環境，命名成想要的名字，再把原來的環境刪掉即可
接下來演示把一個原來叫做py2的環境重新命名成python2：
conda create -n python2 --clone py2
conda remove -n py2 --all
騷操作：allias簡化啓動
linux提供了一個給大家偷懶的命令叫alias，只要在你的.bashrc裏設置一下就好了，我添加了一條叫做condaup的命令，這樣就可以免去每次敲. ~/miniconda/bin/dactivate的麻煩
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