從來沒有想過反編譯apk是來的如此方便，並且還可以修改後重新編譯運行，這比在win下修改pe容易多了，感謝apktool和smali工具的作者提供這麼好的工具。
跟蹤apk一般的做法是在反編譯的smali代碼中插入log輸出，然後重新編譯運行看輸出日誌，這種方法費時費力，如果能夠實時調試是最好的了。搜了一下，目前比較好的方法是使用NetBeans+DDMS。我嘗試過可以調試，但不大認識NetBeans的操作，eclipse估計很多人都會吧，其實設置跟NetBeans大同小異。
調試步驟：
1.對apk使用apktool反編譯出可調試的smali代碼到out文件夾，目前apktool最新的版本是2.0.0b7。
java -jar apktool_2.0.0b7.jar d -d test.apk -o out
這裏必須使用-d參數，這樣反編譯出來的代碼後綴均是java，因爲只有java文件才能被eclipse/netbeans識別調試。
2.設置調試標記和尋找主類
在輸出的out文件夾中，用文本編輯工具打開AndroidManifest.xml，在application節點中設置屬性android:debuggable="true"。
繼續在AndroidManifest.xml中，搜索以下關鍵字
<intent-filter> <action android:name="android.intent.action.MAIN"/> <category android:name="android.intent.category.LAUNCHER"/> </intent-filter>
找到含有以上信息的activity節點，記錄其android:name屬性的值，該值則爲其應用的主類。如下面的例子，主類爲com.acids.helloworld.MainActivity。
<?xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="no"?> <manifest xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android" package="com.acids.helloworld"> <application android:debuggable="true" android:allowBackup="true" android:icon="@drawable/ic_launcher" android:label="@string/app_name" android:theme="@style/AppTheme"> <activity android:label="@string/app_name" android:name="com.acids.helloworld.MainActivity"> <intent-filter> <action android:name="android.intent.action.MAIN"/> <category android:name="android.intent.category.LAUNCHER"/> </intent-filter> </activity> </application> </manifest>
3.在主類的onCreate事件中添加調試等待。
用文本編輯工具打開主類文件，找到onCreate方法，在第一句前插入invoke-static {}, Landroid/os/Debug;->waitForDebugger()V，記得添加a=0;//的前綴保持上下一致，結果如下：
a=0;// # virtual methods a=0;// .method protected onCreate(Landroid/os/Bundle;)V a=0;// invoke-static {}, Landroid/os/Debug;->waitForDebugger()V a=0;// a=0;// .locals 1 a=0;// .param p1, "savedInstanceState" # Landroid/os/Bundle; a=0;// a=0;// .prologue a=0;// .line 11 a=0;// invoke-super {p0, p1}, Landroid/app/Activity;->onCreate(Landroid/os/Bundle;)V
4.保存文件，用apktool重新編譯打包爲debug.apk
java -jar apktool_2.0.0b7.jar b -d out -o debug.apk
5.對debug.apk簽名(需要下載簽名工具)，我把簽名工具放在了signapk文件夾下，生成debug.sign.apk
java -jar .\signapk\signapk.jar .\signapk\testkey.x509.pem .\signapk\testkey.pk8 .\debug.apk .\debug.sign.apk
6.上傳debug.sign.apk至手機或模擬器，然後安裝並運行。這時你會看到程序運行後停留在白屏界面，這時不要動設備和退出程序，因爲程序現在是運行到剛纔添加的waitForDebugger代碼這裏，這行代碼的意思是一直掛起中，等待調試器。
下面開始設置實時調試的環境。
7.啓動eclipse，構建java項目
1) File -> New -> Project -> Java Project -> Next
2) Project Name隨便起，Use default location選項去掉，Location選擇out文件夾，然後Next
3) 把smali文件夾設爲Source Folder，然後Finish
8.在eclipse中，打開第2步找到的主類，並找到onCreate方法，在waitForDebugger後面的第一個方法開始添加斷點。如下圖
9.打開DDMS（路徑在%android-sdks%\tools\ddms.bat），如果在第6步中運行了修改後的程序，在DDMS的設備列表中會顯示可以調試的程序。
對應程序最後一欄爲8600/8700，其中8600即爲調試該程序的端口。
10.現在要做的就是把代碼與調試程序關聯即可。 回到eclipse，配置遠程調試
1) 菜單Run -> Debug -> Debug Configurations
2) 雙擊Remote Java Application，Host處默認localhost就行，Port填第10步得到的8600，然後Apply -> Debug。
11.這時eclipse自動切換至debug視圖，並看到程序已經運行並中斷在下一行可執行的代碼了，相關的變量可以直接查看了。
總結
已經可以用eclipse調試smali了，上面的例子是從程序開頭的地方開始調試，但要調試到自己所關心地方的代碼處確實麻煩。建議先用jd-gui等軟件直接查看反編譯的java代碼，確定要調試的位置後，再進入smali定位斷點並實時調試，就可以事半功倍。如果不需要在程序的開頭調試的話，建議把第三部的代碼註釋掉。
相關工具可以在這裏下載
apktool: https://code.google.com/p/android-apktool/
dex2jar: https://code.google.com/p/dex2jar/
jd-gui: http://jd.benow.ca/