Tensorflow數據讀取方法

轉展多處都沒有找到詳細介紹Tensorflow讀取文件的方法,這裏轉載一篇:http://honggang.io/2016/08/19/tensorflow-data-reading/

引言

Tensorflow的數據讀取有三種方式:

  • Preloaded data: 預加載數據
  • Feeding: Python產生數據,再把數據餵給後端。
  • Reading from file: 從文件中直接讀取

這三種有讀取方式有什麼區別呢? 我們首先要知道TensorFlow(TF)是怎麼樣工作的。

TF的核心是用C++寫的,這樣的好處是運行快,缺點是調用不靈活。而Python恰好相反,所以結合兩種語言的優勢。涉及計算的核心算子和運行框架是用C++寫的,並提供API給Python。Python調用這些API,設計訓練模型(Graph),再將設計好的Graph給後端去執行。簡而言之,Python的角色是Design,C++是Run。

Preload與Feeding

Preload

import tensorflow as tf
# 設計Graph
x1 = tf.constant([2, 3, 4])
x2 = tf.constant([4, 0, 1])
y = tf.add(x1, x2)
# 打開一個session --> 計算y
with tf.Session() as sess:
    print sess.run(y)

在設計Graph的時候,x1和x2就被定義成了兩個有值的列表,在計算y的時候直接取x1和x2的值。

Feeding

import tensorflow as tf
# 設計Graph
x1 = tf.placeholder(tf.int16)
x2 = tf.placeholder(tf.int16)
y = tf.add(x1, x2)
# 用Python產生數據
li1 = [2, 3, 4]
li2 = [4, 0, 1]
# 打開一個session --> 喂數據 --> 計算y
with tf.Session() as sess:
    print sess.run(y, feed_dict={x1: li1, x2: li2})

在這裏x1, x2只是佔位符,沒有具體的值,那麼運行的時候去哪取值呢?這時候就要用到sess.run()中的feed_dict參數,將Python產生的數據餵給後端,並計算y。

兩種方法的區別

Preload:
將數據直接內嵌到Graph中,再把Graph傳入Session中運行。當數據量比較大時,Graph的傳輸會遇到效率問題。
Feeding:
用佔位符替代數據,待運行的時候填充數據。

Reading From File

前兩種方法很方便,但是遇到大型數據的時候就會很吃力,即使是Feeding,中間環節的增加也是不小的開銷,比如數據類型轉換等等。最優的方案就是在Graph定義好文件讀取的方法,讓TF自己去從文件中讀取數據,並解碼成可使用的樣本集。


在上圖中,首先由一個單線程把文件名堆入隊列,兩個Reader同時從隊列中取文件名並讀取數據,Decoder將讀出的數據解碼後堆入樣本隊列,最後單個或批量取出樣本(圖中沒有展示樣本出列)。我們這裏通過三段代碼逐步實現上圖的數據流,這裏我們不使用隨機,讓結果更清晰。

文件準備

$ echo -e "Alpha1,A1\nAlpha2,A2\nAlpha3,A3" > A.csv
$ echo -e "Bee1,B1\nBee2,B2\nBee3,B3" > B.csv
$ echo -e "Sea1,C1\nSea2,C2\nSea3,C3" > C.csv
$ cat A.csv
Alpha1,A1
Alpha2,A2
Alpha3,A3

單個Reader,單個樣本

import tensorflow as tf
# 生成一個先入先出隊列和一個QueueRunner
filenames = ['A.csv', 'B.csv', 'C.csv']
filename_queue = tf.train.string_input_producer(filenames, shuffle=False)
# 定義Reader
reader = tf.TextLineReader()
key, value = reader.read(filename_queue)
# 定義Decoder
example, label = tf.decode_csv(value, record_defaults=[['null'], ['null']])
# 運行Graph
with tf.Session() as sess:
    coord = tf.train.Coordinator()  #創建一個協調器,管理線程
    threads = tf.train.start_queue_runners(coord=coord)  #啓動QueueRunner, 此時文件名隊列已經進隊。
    for i in range(10):
        print example.eval()   #取樣本的時候,一個Reader先從文件名隊列中取出文件名,讀出數據,Decoder解析後進入樣本隊列。
    coord.request_stop()
    coord.join(threads)
# outpt
Alpha1
Alpha2
Alpha3
Bee1
Bee2
Bee3
Sea1
Sea2
Sea3
Alpha1

單個Reader,多個樣本

import tensorflow as tf
filenames = ['A.csv', 'B.csv', 'C.csv']
filename_queue = tf.train.string_input_producer(filenames, shuffle=False)
reader = tf.TextLineReader()
key, value = reader.read(filename_queue)
example, label = tf.decode_csv(value, record_defaults=[['null'], ['null']])
# 使用tf.train.batch()會多加了一個樣本隊列和一個QueueRunner。Decoder解後數據會進入這個隊列,再批量出隊。
# 雖然這裏只有一個Reader,但可以設置多線程,相應增加線程數會提高讀取速度,但並不是線程越多越好。
example_batch, label_batch = tf.train.batch(
      [example, label], batch_size=5)
with tf.Session() as sess:
    coord = tf.train.Coordinator()
    threads = tf.train.start_queue_runners(coord=coord)
    for i in range(10):
        print example_batch.eval()
    coord.request_stop()
    coord.join(threads)
# output
# ['Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2']
# ['Bee3' 'Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1']
# ['Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3']
# ['Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2']
# ['Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3' 'Sea1']
# ['Sea2' 'Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3']
# ['Bee1' 'Bee2' 'Bee3' 'Sea1' 'Sea2']
# ['Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1']
# ['Bee2' 'Bee3' 'Sea1' 'Sea2' 'Sea3']
# ['Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2']

多Reader,多個樣本

import tensorflow as tf
filenames = ['A.csv', 'B.csv', 'C.csv']
filename_queue = tf.train.string_input_producer(filenames, shuffle=False)
reader = tf.TextLineReader()
key, value = reader.read(filename_queue)
record_defaults = [['null'], ['null']]
example_list = [tf.decode_csv(value, record_defaults=record_defaults)
                  for _ in range(2)]  # Reader設置爲2
# 使用tf.train.batch_join(),可以使用多個reader,並行讀取數據。每個Reader使用一個線程。
example_batch, label_batch = tf.train.batch_join(
      example_list, batch_size=5)
with tf.Session() as sess:
    coord = tf.train.Coordinator()
    threads = tf.train.start_queue_runners(coord=coord)
    for i in range(10):
        print example_batch.eval()
    coord.request_stop()
    coord.join(threads)
    
# output
# ['Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2']
# ['Bee3' 'Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1']
# ['Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3']
# ['Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2']
# ['Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3' 'Sea1']
# ['Sea2' 'Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3']
# ['Bee1' 'Bee2' 'Bee3' 'Sea1' 'Sea2']
# ['Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1']
# ['Bee2' 'Bee3' 'Sea1' 'Sea2' 'Sea3']
# ['Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2']

tf.train.batchtf.train.shuffle_batch函數是單個Reader讀取,但是可以多線程。tf.train.batch_jointf.train.shuffle_batch_join可設置多Reader讀取,每個Reader使用一個線程。至於兩種方法的效率,單Reader時,2個線程就達到了速度的極限。多Reader時,2個Reader就達到了極限。所以並不是線程越多越快,甚至更多的線程反而會使效率下降。

迭代控制

filenames = ['A.csv', 'B.csv', 'C.csv']
filename_queue = tf.train.string_input_producer(filenames, shuffle=False, num_epochs=3)  # num_epoch: 設置迭代數
reader = tf.TextLineReader()
key, value = reader.read(filename_queue)
record_defaults = [['null'], ['null']]
example_list = [tf.decode_csv(value, record_defaults=record_defaults)
                  for _ in range(2)]
example_batch, label_batch = tf.train.batch_join(
      example_list, batch_size=5)
init_local_op = tf.initialize_local_variables()
with tf.Session() as sess:
    sess.run(init_local_op)   # 初始化本地變量 
    coord = tf.train.Coordinator()
    threads = tf.train.start_queue_runners(coord=coord)
    try:
        while not coord.should_stop():
            print example_batch.eval()
    except tf.errors.OutOfRangeError:
        print('Epochs Complete!')
    finally:
        coord.request_stop()
    coord.join(threads)
    coord.request_stop()
    coord.join(threads)
# output
# ['Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2']
# ['Bee3' 'Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1']
# ['Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3']
# ['Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2']
# ['Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3' 'Sea1']
# Epochs Complete!
在迭代控制中,記得添加tf.initialize_local_variables(),官網教程沒有說明,但是如果不初始化,運行就會報錯。







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