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1. 準備工作
? 下載Mysql數據庫並安裝：http://www.mysql.com/downloads/mysql/。下個Essentials版本的就可以了。然後裝上。（出問題自己解決）
? 下載所需的數據文件：
http://archive.geneontology.org/latest-full/go_201011-assocdb-data.gz (下載最新的)
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz
ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz
以上數據均下載最新的。
? 下載local_b2g_db_tutorial_0609.zip. 在blast2go的網站上下載。
2. 本地化構建? 更改數據存放目錄
如果默認安裝Mysql數據庫的話，是裝在C盤的，但是一般C盤的空間比較小，而要導入的數據很大，所以要改變一下Mysql 的數據存儲目錄。
查看路徑：mysql > show variables like “%dir%”; 在這個命令的結果中會看到datadir的路徑，下邊就是將這個路徑改到別的位置。
改變路徑：
停止mysql服務：net stop mysql; 更改my.ini中的datadir信息，並將原來的data目錄copy到更改以後的路徑中；重啓服務：net start mysql.
? 創建數據庫和表
在local_b2g_db_tutorial_0609 中有個b2g_db.sql文件，該文件是用來構建b2g數據庫和建立相應表的文件，可以直接導入到mysql 中。
原始的這個文件有幾個錯誤，要改一下：
1) 原始第9行：GRANT * , 改爲 GRANT ALL.
2) 原始第10行：添加 use b2g;
3) 原始第26行：’description’ text NOT NULL default ‘’, 將default ‘’去掉。
這樣，這個文件就可以直接導入了。
導入：sh> mysql –uroot –p < c:/b2g_db.sql
這樣在原來的mysql數據庫中就多了一個b2g的數據庫，同時這個庫中還有三個表。自己查看一下，同時查看一下現在的數據存放目錄是否改變了。
? 導入數據：
下邊要導入已經下載好的4個數據文件。先都解壓了，數據還是比較大的。
1) 導入go_<YYYYMM>-assocdb-data數據(壓縮包1.18G，解壓後7.45G)
進入mysql:
sh> mysql b2g –s –b –uroot –p
-s : silent mode: produce less out and speed up
-b : suppress the beep when errors occur
然後 mysql> source c:/go_****-assocdb-data
時間很長，等吧。
? 導入gene2accession
mysql> load data local infile “path/gene2accession” into table gene2accession;
OK, 無錯誤
? 導入gene_info
Mysql> load data local infile “path/geneinfo” into table gene_info;
OK,無錯誤
? 導入PIR file(idmapping)
這個需要通過blast2go界面進行導入。Blast2go下的Tools-> DB configuration, 改變db-host, name, password，一般變爲localhost, root , ***，然後選擇 tools-> import PIR mapping to a local B2G-DB,導入。
3. 總結? 這裏導入的數據僅僅解決了mapping的步驟，其他的步驟還需要通過網絡，並沒有本地化，mapping的速度是最慢的，本地化後會快很多。
? 檢測是否構建成功：在blast2go的主界面中點擊綠色的箭頭，出現圖形說明數據庫已經建好了。
4. 可能出現的錯誤? Network Connection Problem Premature EOF.過早結束。這個錯誤可能是由於殺毒軟件造成的，關掉殺毒軟件試試。不想關的話，放寬一下殺毒軟件的過濾條件試試。
? Blast2go的blast步驟需要多作幾次，直到最後兩次的miss blast一樣爲止，一般不存在blast結果的序列還是很少的。如果你沒有大型的服務器，個人覺得通過NCBI blast反而比自己本地blast要快。
? 富集分析：有時不報錯，但是長時間不出結果，可能是殺毒軟件的問題，關掉就很快出結果了。如果P值全爲1，也這麼做，試試看了。
? Could not create the java virtual machine的問題，可能是啓動的blast2go需要的內存太多，設定一個小的內存使用量就可以了。
? Blast2go 會自動覆蓋重複記錄。會用後邊的記錄覆蓋前邊的記錄。如果前面導入的結果爲20個hit,後面相同記錄爲19個hit,那麼最終的結果爲19個hit.所以再比對nr和swissprot的時候，應該分開計算結果，然後再合併。
? Blast2go導入本地blast結果文件，受到序列條目和文件大小的限制，3000條序列一個文件是可以的（測試過），佔內存很嚴重。文件大小在100M左右是可以的。
? 用獨立的blast程序比對swissprot數據庫出現問題，xml結果中hit-id不正確，導致blast2go無法識別，可能是formatdb時出現了錯誤，自己檢查一下。
? 一般GO 分類中，biological process的節點很多，在blast2go中，這步出圖的時候總是容易卡死，需要改變一下blast2go配置文件中圖形節點的最大值，改大點應該可以出來。
5. 建議? 富集分析做barchart的時候，用p-value比較好，可以在圖形中顯示over 和under。不推薦用FDR。
? Blast2go出來的分類餅圖是不包括unknown類別的，個人建議用blast2go出來的數據重新畫一個分佈餅圖，將unknown類放進去。
? 做blast的時候HSP的長度最好設定一下。