1.MyISAM類型的表強調的是性能，其執行數 度比InnoDB類型更快，但是不提供事務支持,InnoDB提供事務支持事務，外部鍵等高級 數據庫功能.事務是一種高級的處理方式，如在一些列增刪改中只要哪個出錯還可以回滾還原，而MyISAM就不可以了。
2.MyISAM適合查詢以及插入爲主的應用，InnoDB適合頻繁修改以及涉及到安全性較高的應用
3對於自增長的字段，InnoDB中必須包含只有該字段的索引，但是在MyISAM表中可以和其他字段一起建立聯合索引
4.清空整個表時，InnoDB是一行一行的刪除，效率非常慢。MyISAM則會重建表
5InnoDB支持行鎖（某些情況下還是鎖整表，如 update table set a=1 where user like '%lee%'
關於MyISAM與InnoDB選擇使用：
MYISAM和INNODB是Mysql數據庫提供的兩種存儲引擎。兩者的優劣可謂是各有千秋。INNODB會支持一些關係數據庫的高級功能，如事務功能和行級鎖，MYISAM不支持。MYISAM的性能更優，佔用的存儲空間少。所以，選擇何種存儲引擎，視具體應用而定：
1）如果你的應用程序一定要使用事務，毫無疑問你要選擇INNODB引擎。但要注意，INNODB的行級鎖是有條件的。在where條件沒有使用主鍵時，照樣會鎖全表。比如DELETE FROM mytable這樣的刪除語句。
2）如果你的應用程序對查詢性能要求較高，就要使用MYISAM了。MYISAM索引和數據是分開的，而且其索引是壓縮的，可以更好地利用內存。所以它的查詢性能明顯優於INNODB。壓縮後的索引也能節約一些磁盤空間。MYISAM擁有全文索引的功能，這可以極大地優化LIKE查詢的效率。
如果數據量比較大，這是需要通過升級架構來解決，比如分表分庫，而不是單純地依賴存儲引擎。
現在一般都是選用innodb了，主要是myisam的全表鎖，讀寫串行問題，併發效率鎖表，效率低myisam對於讀寫密集型應用一般是不會去選用的。