| A quality control tool for high throughput sequence data.高通量測序數據的質量檢測工具。 |
fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN
-o用來指定輸出文件的所在目錄，注意是不能自動新建目錄的。輸出的結果是.zip文件，默認自動解壓縮，命令里加上--noextract則不解壓縮。-f用來強制指定輸入文件格式，默認會自動檢測。-c用來指定一個contaminant文件，fastqc會把overrepresented
sequences往這個
contaminant文件裏搜索。contaminant文件的格式是"Name\tSequences"，#開頭的行是註釋。加上
-q 會進入沉默模式，即不出現下面的提示：
Started analysis of target.fq
Approx 5% complete for target.fq
Approx 10% complete for target.fq
如果輸入的fastq文件名是target.fq，fastqc的輸出的壓縮文件將是target.fq_fastqc.zip。解壓後，查看html格式的結果報告
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我的運行：
$ fastqc 1.fa 2.fa
運行結束之後，用winSCP將文件夾傳輸到windows上面查看網頁。
一般主要的是這個圖片，如果集中在綠色部分說明質量比較高，可以使用這個轉錄組數據。
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下面的圖明顯質量更高！
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