論文閱讀:seq2seq在心律不齊分類中的應用

1.論文

Inter- and Intra-Patient ECG Heartbeat Classification For Arrhythmia Detection: A Sequence to Sequence Deep Learning Approach

2.github代碼

3.論文整理

方法

A.預處理

  • 輸入爲一段ECG信號,輸入前先歸一化到0-1;
  • 在MIT-BIH心律失常數據庫中根據ECG註釋文件的R峯找到相關的t波。
  • 根據t波將整段的ECG信號切分,並根據標註文件給每個部分添加標註。
  • 調整長度-將其固定爲280個點

B.網絡架構

如下圖Fig 1,跟機器翻譯的seq2seq差不多,這裏沒有詞嵌入,取而代之是一個用於提取特徵的CNN。
fig1

CNN

由三個連續的一維卷積層組成:

  • 第一層:32個2x1,步長=1的卷積核+ReLU+max pooling 2x1,步長=1
  • 第二層:64個2x1,步長=1的卷積核+ReLU+max pooling 2x1,步長=1
  • 第二層:128個2x1,步長=1的卷積核+ReLU+max pooling 2x1,步長=1
    fig2

encoder和decoder

使用BiRNN單元搭建encoder;
LSTM單元搭建decoder。
目標輸入是一個有開頭爲偏移的特徵向量,它只用於訓練階段。

實驗驗證

使用SMOTE平衡數據;
對4個類別的心臟週期進行分類:
fig3
考慮兩個方案:
(1)不同個體的ECG

類別 N S V F 總數
數量 90494 2777 7217 802 101290

(2)相同個體不同的時間錄的ECG

  • 訓練集
類別 N S V 總數
數量 45796 941 3780 -
  • 測試集
類別 N S V 總數
數量 44196 1836 3216 -

兩個案例中都使用SMOTE平衡類別少的數據。
評估標準:sensitivity (SEN), positive predictive value (PPV), specificity (SPEC) (1 - False Positive Rate (FPR)) and accuracy(Acc)
fig4
最終結果如下,幾乎各項指標都由於其他的論文。另外模型的最大也只有5MB。
fig5
個人觀點:
(1)STOME平衡數據集需要進一步瞭解。
(2)模型架構方面沒有原創的東西,但是在工程實踐中能取得很好效果並落地,是個不錯的選擇。
(3)在其他的數據集的效果不清楚怎麼樣。

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