Rdkit安裝

Rdkit 學習記錄（一）

簡介

Rdkit 是幹個什麼呢，RDkit 是一款開源化學信息學與機器學習工具包，提供C++ 和python 的API 接口。是著名的開源化學信息學工具之一，基於BSD協議，核心數據結構與算法由C++編寫。支持Python2與python3，支持KNIME，支持機器學習方面的分子描述符的產生。

文檔：[https://www.rdkit.org/]

環境

macOS
Python 3.7

安裝

1.Conda模式 官方建議使用Conda進行安裝與管理，Conda可以使用清華的源進行下載，安裝完成後，再次更換其安裝源。換源的命令參考

conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit

激活的方法：

conda activate my-rdkit-env

退出環境

conda deactivate

2.Pycharm模式 Pycharm並不能直接安裝RDkit，當使用上一步Conda安裝完成後，將python的環境配置修改爲conda的目錄，即可在pycharm中使用Rdkit。

運行代碼

導入庫

#! /usr/bin/python
# coding: utf-8
# @Time: 2020-05-20 14:53
# @Author: 

from rdkit.Chem import AllChem as Chem
from rdkit import rdBase
from rdkit.Chem import Draw

rdkit版本

rint('rdkit版本號=',rdBase.rdkitVersion)  

rdkit版本號= 2020.03.2

載入數據繪製分子式

#西地那非（Sildenafil)化學式
smi = 'CCCc1nn(C)c2C(=O)NC(=Nc12)c3cc(ccc3OCC)S(=O)(=O)N4CCN(C)CC4'  
m = Chem.MolFromSmiles(smi)

# 化結構式
Draw.MolToImageFile(m,"/Users/st/drug_development/st_rdcit/img/mol1.jpg")
print('化學結構式Sildenafil')

smi2 = 'CCCc1nc(C)c2C(=O)N=C(Nn12)c3cc(ccc3OCC)S(=O)(=O)N4CCN(CC)CC4' #vardenafil
m2 = Chem.MolFromSmiles(smi2)
fp2 = Chem.GetMorganFingerprintAsBitVect(m2, 2, nBits=2048)

西地那非（Sildenafil)結構式