原创 rdkit 處理2D、3D分子
Smiles 可以看成分子的1D形式，分子的平面結構可以看成分子的2D形式。該算法能夠減少分子中原子在平面內的碰撞，使得繪製的分子更加清晰。 文章目錄一、引入所需庫二、處理2D分子2.1 計算分子的2D座標函數解析2.2 生成
2020-06-10 06:57:47
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原创 rdkit 化學轉換
RDKit包含許多用於修飾分子的功能。注意，這些變換功能旨在提供一種簡單的方法，可以對分子進行簡單的修飾。 文章目錄一、引入所需庫二、基於子結構的轉換2.1 刪除子結構2.2 取代基替換2.3 SAR分析-core可視化2.4
2020-06-10 06:57:47
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原创 rdkit 子結構搜索
文章目錄一、引入所需庫二、子結構搜索2.1 判斷是否有子結構2.2 獲取第一個子結構對應的原子編號2.3 獲取對應所有子結構2.4 子結構搜索考慮手性2.4.1 不考慮手性2.4.2 考慮手性三、smarts 一、引入所需庫 #!
2020-06-10 06:57:47
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原创 rdkit 繪製分子【可視化分子】
rdkit 內置了Draw模塊，用於繪圖，把一些經常用到的方法直接放在Draw下面。 文章目錄一、引入所需庫二、分子對象轉化爲圖片2.1 分子對象轉圖片文件函數解析2.2 分子對象轉圖片函數解析2.3 分子對象轉圖片2.4 多
2020-06-10 06:57:47
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原创 rdkit 修改分子
文章目錄一、引入所需庫二、增刪H原子2.1 增加H原子函數解析2.2 增加H原子2.3 刪除H原子函數解析2.4 刪除H原子三、芳香共軛鍵和庫裏單雙鍵3.1 將芳香鍵的類型修改爲單雙建的類型 一、引入所需庫 #! /usr/bin
2020-06-02 14:14:35
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原创 RDKit 操作分子對象
文章目錄1 引入所需庫2 獲取分子中的原子3 獲取原子的座標信息4 訪問單個原子的信息4.1 訪問所有原子：5 分子中的鍵操作5.1 也可以通過索引獲取鍵：6 獲取分子中所有的環 1 引入所需庫 #! /usr/bin/pytho
2020-05-31 09:41:56
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原创 rdkit 讀寫分子操作
讓計算機識別化學分子是計算化學的必備技能，也是對分子進行各種操作的基礎。 文章目錄一、簡介二、讀分子操作2.1 引入所需庫2.2 讀入smiles2.3 讀入mol文件2.4 讀入sdf文件三、寫分子操作3.1 寫將分子對象存
2020-05-31 09:41:56
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原创 Rdkit安裝
Rdkit 學習記錄（一） 簡介 Rdkit 是幹個什麼呢，RDkit 是一款開源化學信息學與機器學習工具包，提供C++ 和python 的API 接口。是著名的開源化學信息學工具之一，基於BSD協議，核心數據結構與算法由C++編
2020-05-24 13:01:54
原创 Mac 安裝MySQLdb (Python mysql )報錯
在使用python3連接MySQL的時候出現了 ‘ModuleNotFoundError: No module named ‘MySQLdb’’錯誤。 爲了加深記憶，將問題解決過程總結如下： 1、環境：OS X操作系統，Pyt
2020-05-16 11:14:44
原创 php對數字的處理函數
絕對值 number abs(number);返回 number的絕對值，若$number爲float，則返回類型也是float,否則返回integer var_dump(abs(-2.3)); //float(2.3) va
2020-02-24 11:04:44
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原创 PHP加密技術(一)
一、 Md5加密算法 Md5()常用於密碼(數字)的加密 不可逆加密 語法：string md5($str[,bool$raw_output=false]); $raw_output如果可選的該參數被設置爲true，那麼m
2020-02-24 11:04:43
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原创 sql語句中order by、group by和having的區別
組合子句： order by、group by、having、where、limit n,m可以組合使用， 在這些子句都出現時，其順序爲： where、group by、having、order by、limit n,m 既whe
2020-02-24 11:04:43
原创 mysql delete 多表連接刪除
單個表的刪除： DELETE FROM tableName WHERE columnName = value; 刪除表內的所有行： 即：保留表的結構、屬性、索引 DELETE FROM tablename; DELETE * FR
2020-02-24 11:04:43
原创 mysql 動態創建表、添加數據
在數據庫test中創建數據表 CREATE TABLE salestotal ( user_id int(8) not null, name varchar(50), englishname var
2020-02-24 11:04:43
原创 mysql 用戶變量
mysql 用戶變量 用來存儲中間結果（查詢結果），以便於該結果在後續語句中的使用。 首先來看一個鎖定： mysql> LOCK TABLES projects READ, temp WRITE; mysql> SELECT s
2020-02-24 11:04:43