Rdkit安装

Rdkit 学习记录（一）

简介

Rdkit 是干个什么呢，RDkit 是一款开源化学信息学与机器学习工具包，提供C++ 和python 的API 接口。是著名的开源化学信息学工具之一，基于BSD协议，核心数据结构与算法由C++编写。支持Python2与python3，支持KNIME，支持机器学习方面的分子描述符的产生。

文档：[https://www.rdkit.org/]

环境

macOS
Python 3.7

安装

1.Conda模式 官方建议使用Conda进行安装与管理，Conda可以使用清华的源进行下载，安装完成后，再次更换其安装源。换源的命令参考

conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit

激活的方法：

conda activate my-rdkit-env

退出环境

conda deactivate

2.Pycharm模式 Pycharm并不能直接安装RDkit，当使用上一步Conda安装完成后，将python的环境配置修改为conda的目录，即可在pycharm中使用Rdkit。

运行代码

导入库

#! /usr/bin/python
# coding: utf-8
# @Time: 2020-05-20 14:53
# @Author: 

from rdkit.Chem import AllChem as Chem
from rdkit import rdBase
from rdkit.Chem import Draw

rdkit版本

rint('rdkit版本号=',rdBase.rdkitVersion)  

rdkit版本号= 2020.03.2

载入数据绘制分子式

#西地那非（Sildenafil)化学式
smi = 'CCCc1nn(C)c2C(=O)NC(=Nc12)c3cc(ccc3OCC)S(=O)(=O)N4CCN(C)CC4'  
m = Chem.MolFromSmiles(smi)

# 化结构式
Draw.MolToImageFile(m,"/Users/st/drug_development/st_rdcit/img/mol1.jpg")
print('化学结构式Sildenafil')

smi2 = 'CCCc1nc(C)c2C(=O)N=C(Nn12)c3cc(ccc3OCC)S(=O)(=O)N4CCN(CC)CC4' #vardenafil
m2 = Chem.MolFromSmiles(smi2)
fp2 = Chem.GetMorganFingerprintAsBitVect(m2, 2, nBits=2048)

西地那非（Sildenafil)结构式