參考資料：
http://blog.csdn.net/pizicai105/article/details/5439445
http://blog.csdn.net/wbczyh/article/details/2054240
第一種方法：
要在本機安裝新舊兩個不同版本的CYGWIN需要進行以下配置
1、先安裝一個版本，比如舊版本
2、刪除註冊表中的HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Cygnus Solutions
3、安裝新版本
4、注意有個規律，HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Cygnus Solutions裏配置的路徑就是CYGWIN的運行版本（目錄），只要將其路徑改爲想要的運行版本路徑即可
5、有個方法可以更方便，就是將註冊表項導出爲.REG，因爲CYGWIN其實是個批處理文件，只要在批處理文件裏每次都導入自己的版本路徑，則從表面上看就是兩個不同的版本
第二種方法：
多Cygwin共存問題
對於做嵌入式或移動開發的人來說，在工作中可能經常遇到需要在多個Cygwin版本之間切換的情況（因爲很多手機平臺基於不同的Cygwin版本），怎麼讓多個版本共存於一個系統上呢？
一、 首先我們能想到的或許就是直接依次進行各版本的安裝
這樣會帶來一個問題：只有最後一個版本有效。爲什麼會這樣呢？因爲Cygwin將掛載點（Mount Point）放到了系統註冊表中。比如我在C:/Cygwin目錄下安裝了一個Cygwin，那麼註冊表中：
HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Cygnus Solutions/Cygwin/mounts v2
HKEY_CURRENT_USER/Software/Cygnus Solutions/Cygwin/mounts v2
以上兩個位置會寫入像：
/home
/usr/bin
/usr/lib
等目錄在Windows系統上相應的映射位置。如果安裝多次，後一次當然就覆蓋掉了前一次的數據，所以這種方法不行。
二、不能通過安裝解決，那我們就嘗試使用“替換法”吧
1．把所有Cygwin版本安裝同一目錄的不同文件夾中，儘量將路徑設置得比較簡單。
我們這裏假設最後一個Cygwin安裝的目錄就是c:/cygwin，其它Cygwin安裝的目錄類似於C:/cygwin_xx。
2．當需要使用某個版本的Cygwin時先把當前的cygwin目錄根據其版本重命名一下，然後把當前要使用版本目錄重命名爲cygwin。
通過上面的方法就可以比較容易地在多個Cygwin之間（手工）切換。