蛋白大體上分爲三種類型, 組蛋白,球蛋白和膜蛋白
組蛋白體積巨大但具有周期性,功能簡單,以支撐保護爲主. 做機理研究的意義相對不大.
球蛋白可溶於水, 有一個親水的外表面和輸水內核,體積較大, 功能複雜,比如酶, 抗體等,做藥物設計的好像都跟這個親熱.
膜蛋白, 肯定和膜有關,或吸附在膜表面, 或嵌入膜中,或貫穿膜的兩側. 其中最後這種可以形成跨膜通道,用以傳輸水, 離子以及其他小分子.機理簡單但細節不明, 且不需要多麼高深的生理醫學背景,物理, 化學出身的人很喜歡搞這個.
膜蛋白的結構解析較爲困難, 主要是這種蛋白一旦離開膜體系,結構就會發生變化, 而常用的測定結構的方法又不能直接在膜中測定,故pdb庫收錄的這類蛋白較少.但總數目絕對夠自己研究的.
質膜的種類很多, 在不同組織中的含量如下表所示.在MD模擬中常用有POPE, POPC和DPPC 等, 也有放入膽固醇的,但單純研究通道機理不需要加這個,前面三種就足夠了.
韓貽人《分子細胞生物學》
vmd 中有一個membrane plugin, 可以快速的生成任意尺寸的, 據說是預平衡了的膜的pdb/psf.
使用方法,
% package require membrane
% membrane -l POPE -x 50 -y 50 -o mem
可以生成名叫mem.pdb/psf 的在xy方向各爲50AA的POPE膜,速度很快.
但也有缺點:
1 目前僅支持POPC 和POPE兩種膜,
DPPC 結構可以到本站(geffery http://www.mdbbs.org/thread-5026-1-1.html)處下載.
更多參考 http://www.charmm-gui.org/?doc=archive&lib=lipid_pure
2 生成的結構還要進行長時間的模擬纔可以使用.
3 兩側水的數目不可調, 且數目較少,使用時候要手工添加水.
vmd 可以使用solvate plugin很容易在體系內添加大量的水
