一 、下面是一些自己之前遇到的可以用python处理的生物学问题，仅供参考。
1、fasta和fastq格式之前的互相转化
2、根据基因ID从fasta文件中提取序列序列
3、比对后的fasta格式转化为phylip格式
4、提取四倍兼并位点
5、根据基因名字从gtf或者gff文件中提取基因ID
二、可以模仿一些常用的软件的部分功能，去写能够实现相同功能的python脚本。
1、seqkit是一个对核酸或者蛋白序列进行处理的软件，比如取反向互补序列、序列信息统计、提取部分序列、文件切割等等。
2、csvtk是一个对CSV文件进行处理的软件，附带了很多实用功能。
3、bedtools对bed文件进行处理，取交集和并集等。可以模仿这些软件的功能自己去写python脚本实现相同的功能。
三、如果题主是生物信息领域的话，推荐一个网站，里面有可以通过编程解决的各种小问题。
ROASLIND这个网站上面有上百个生物信息学方面的问题，每个问题都可以用python去解决，并且以背景知识和案例以及练习题的形式展现，非常适合新手进行编程练习。