- 小結
在一個項目中用到了vmd ，這個工具功能很強大，可以把模擬一些分子的運動軌跡。 開源的 openm 是個很好的工具，其中有的sample 可以產生 pdb 文件。 然後通過 vmd 完美的渲染出來。這裏做個小的總結，總結一些有用的東西，關於vmd 支持python 和tcl的拓展。 ug.pdf 即user guide 寫的很詳細，包括vmd 的使用 和一些具體的tcl 命令。 vmd 還提供一些腳本庫，有些腳本如果合適的話，可以直接拿來（拿來主義？）或是修改後直接使用。
- 首先介紹一下vmd：
VMD是一個分子可視化程序，該程序採用3D圖形以及內置腳本來對大型生物分子系統進行顯示、製成動畫以及分析等操作
VMD is designed for modeling, visualization, and analysis of biological systems such as proteins, nucleic acids, lipid bilayer assemblies, etc. It may be used to view more general molecules, as VMD can read standard Protein Data Bank (PDB) files and display the contained structure. VMD provides a wide variety of methods for rendering and coloring a molecule: simple points and lines, CPK spheres and cylinders, licorice bonds, backbone tubes and ribbons, cartoon drawings, and others. VMD can be used to animate and analyze the trajectory of a molecular dynamics (MD) simulation. In particular, VMD can act as a graphical front end for an external MD program by displaying and animating a molecule undergoing simulation on a remote computer.
- 下載地址：
(http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD) 官網的下載地址
(http://download.csdn.net/detail/dongjideyu/6539527) vmd 的Linux版本 和 user guide
(http://download.csdn.net/detail/dongjideyu/6539459) vmd 的windows 版本和 user guide
- vmd 的tcl 腳本庫