R安裝
方法一:
下載R 安裝包(下載路徑:https://cran.rstudio.com/src/base/R-3/)
./configure; make; make test; make install
./configure --prefix=你想安裝路徑 ; make; make test; make install (非root )
方法二:
Linux下也可以通過相應的yum或者apt-get進行安裝;
eg: apt install R
這種方法的弊端是安裝的R程序太old或缺失額依賴包太多,做好折騰安裝依賴包的準備;
值得注意安裝依賴包後寫入環境;
安裝curl包:
cd ~/src
wget --no-check-certificate https://curl.haxx.se/download/curl-7.61.0.tar.gz
tar xzvf curl-7.61.0.tar.gz
cd curl-7.61.0
./configure --prefix=/HOME/packages
make -j3
make install
設置安裝好的包的環境變量(重要):
export PATH=/HOME/packages/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$LD_LIBRARY_PATH
export CFLAGS="-I/HOME/packages/include"
export LDFLAGS="-L/HOME/packages/lib"
方法三:推薦用Conda
(簡單、方便,可選擇版本)
簡要說明
##linux系統,下載 https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
$ wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
$ source ~/.bashrc
## 查看可用的軟件包
$conda search <軟件包>
## 安裝軟件包
$conda install <軟件包>
## 安裝指定版本的R
$ conda search R
Loading channels: done
# Name Version Build Channel
r 3.1.2 0 pkgs/r
r 3.1.2 1 pkgs/r
r 3.1.2 2 pkgs/r
r 3.1.2 3 pkgs/r
r 3.1.3 0 pkgs/r
r 3.2.0 0 pkgs/r
r 3.2.1 0 pkgs/r
r 3.2.2 0 pkgs/r
r 3.3.1 r3.3.1_0 pkgs/r
r 3.3.1 r3.3.1_1 pkgs/r
r 3.3.2 r3.3.2_0 pkgs/r
r 3.4.1 r3.4.1_0 pkgs/r
r 3.4.2 h65d9972_0 pkgs/r
r 3.4.3 mro343_0 pkgs/r
r 3.4.3 r343_0 pkgs/r
$ conda install r=3.4.2
R包安裝
通過R進入命令行
# 1
>options(CRAN="http://cran.r-project.org")
> install.packages("R包")
# 2
>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite("R包")
# 3
install.packages("下載到本地R包的全路徑",contriburl=NULL)