你能用的數據庫引擎取決於MySQL在安裝時候是如何被編譯的。要添加一個新的引擎，就必須編譯MySQL。僅僅爲了添加一個特性而編譯應用程序的想法對於Windows的開發人員來說可能有點小題大做，得不償失，但是在Unix的世界裏，這已經成爲了標準。在缺省的情況下，MySQL支持三個引擎：ISAM、MyISAM和HEAP。另外兩種類型InnoDB和Berkley（BDB），也常常可以使用。
ISAM
ISAM是一個定義明確且歷經時間考驗的數據表格管理方法，它在設計之初就考慮到數據庫被查詢的次數遠遠大於被更新的次數。因此，ISAM執行讀取操作的速度很快，而且不佔用大量的內存和存儲資源。ISAM兩個主要不足之處在於，它不支持事務管理，同時也不能容錯。比如說你硬盤崩了，那麼數據文件也就無法恢復了。如果你正在把ISAM用在關鍵任務應用程序裏，那就必須經常備份你所有的實時數據，通過其複製特性，MySQL能夠支持備份這樣的應用程序。
MyISAM
MyISAM是MySQL的ISAM擴展格式和缺省的數據庫引擎。除了提供ISAM裏所沒有的索引和字段管理的大量功能，MyISAM還使用一種表格鎖定的機制，來優化多個併發的讀寫操作。其代價是你必須經常運行OPTIMIZE TABLE命令，來恢復被更新機制浪費的空間。MyISAM還有一些可用的擴展，例如用來修復數據庫文件的MyISAMChk工具和用來恢復浪費空間的MyISAMPack工具。
MyISAM強調了快速讀寫操作，這可能就是爲什麼MySQL受到了Web開發如此青睞的主要原因，在Web開發中你所進行的大量數據操作都是讀取操作。所以，大多數虛擬主機提供商和Internet平臺提供商（Internet Presence Provider，IPP）只允許使用MyISAM格式。
HEAP
HEAP允許只駐留在內存裏的臨時表格。駐留在內存裏讓HEAP要比ISAM和MyISAM都快，但是它所管理的數據是不穩定的，而且如果在關機之前沒有進行保存，那麼所有的數據都會丟失。在數據行被刪除的時候，HEAP也不會浪費大量的空間。HEAP表格在你需要使用SELECT表達式來選擇和操控數據的時候非常有用。要記住，在用完表格之後就刪除表格。
InnoDB和Berkley DB
InnoDB和Berkley DB（BDB）數據庫引擎都是造就MySQL靈活性的技術的直接產品，這項技術就是MySQL++ API。在使用MySQL的時候，你所面對的每一個挑戰幾乎都源於ISAM和MyISAM數據庫引擎不支持事務處理也不支持外來鍵。儘管要比ISAM和MyISAM引擎慢很多，但是InnoDB和BDB包括了對事務處理和外來鍵的支持，這兩點都是前兩個引擎所沒有的。如前所述，如果你的設計需要這些特性中的一者或者兩者，那你就要被迫使用後兩個引擎中的一個了。
如果感覺自己的確技術高超，你還能夠使用MySQL++來創建自己的數據庫引擎。這個API爲你提供了操作字段、記錄、表格、數據庫、連接、安全帳號的功能，以及建立諸如MySQL這樣DBMS所需要的所有其他無數功能。深入講解API已經超出了本文的範圍，但是你需要了解MySQL++的存在及其可交換引擎背後的技術，這一點是很重要的。估計這個插件式數據庫引擎的模型甚至能夠被用來爲MySQL創建本地的XML提供器（XML provider）。按開關讓所有的靈活性成爲可能的開關是提供給ANSI SQL的MySQL擴展——TYPE參數。MySQL能夠讓你在表格這一層指定數據庫引擎，所以它們有時候也指的是table formats。
下面的示例代碼表明瞭如何創建分別使用MyISAM、ISAM和HEAP引擎的表格。要注意，創建每個表格的代碼是相同的，除了最後的TYPE參數，這一參數用來指定數據引擎。
你也可以使用ALTERTABLE命令，把原有的表格從一個引擎移動到另一個引擎。下面的代碼顯示了如何使用ALTER TABLE把MyISAM表格移動到InnoDB的引擎：
ALTER TABLE tblMyISAM CHANGE TYPE=InnoDB
MySQL用三步來實現這一目的。首先，這個表格的一個副本被創建。然後，任何輸入數據的改變都被排入隊列，同時這個副本被移動到另一個引擎。最後，任何排入隊列的數據改變都被送交到新的表格裏，而原來的表格被刪除。
如果只是想把表格從ISAM更新爲MyISAM，你可以使用mysql_convert_table_format命令，而不需要編寫ALTER TABLE表達式。
SHOWTABLE STATUS FROM tblInnoDB
你可以用SHOW CREATE TABLE [TableName]來取回SHOW TABLE能夠取回的信息。
最後，如果你想使用沒有被編譯成MySQL也沒有被激活的引擎，那是沒有用的，MySQL不會提示這一點。而它只會給你提供一個缺省格式（MyISAM）的表格。除了使用缺省的表格格式外，還有辦法讓MySQL給出錯誤提示，但是就現在而言，如果不能肯定特定的數據庫引擎是否可用的話，你要使用SHOW TABLE來檢查表格格式。更多的選擇意味着更好的性能用於特定表格的引擎都需要重新編譯和追蹤，考慮到這種的額外複雜性，爲什麼你還是想要使用非缺省的數據庫引擎呢？答案很簡單：要調整數據庫來滿足你的要求。
可以肯定的是，MyISAM的確快，但是如果你的邏輯設計需要事務處理，你就可以自由使用支持事務處理的引擎。進一步講，由於MySQL能夠允許你在表格這一層應用數據庫引擎，所以你可以只對需要事務處理的表格來進行性能優化，而把不需要事務處理的表格交給更加輕便的MyISAM引擎。對於MySQL而言，靈活性纔是關鍵。