perl 和 shell隨記

1、~ /^\"(.*)\"\s+\<(\d+)-?(\d*)\>\s*$/ perl模式匹配

^\"以”開頭，(.*)任意個字符，\"匹配”，\s+匹配一個以上的空白符，\<匹配一個<,(\d+)匹配一個以上的數字，-？匹配連字符-零次或一次，（\d*）匹配0或零個以上的數字，\>匹配>,\s*$/以0至0個以上的空白符結尾

 

2、一般來說，while循環中使用<STDIN>或<>讀取輸入後(也包括open關鍵字打開文件再讀取行的情況)，第一行就是去除行尾的換行符，所以大多數都採用如下通用格式：

while(<>){
    chomp;
    COMMANDS;
}
 
while(<STDIN>){
    chomp;
    COMMANDS;
}

 

3、chomp()

讀取fasta文件,內容如下：

1 2 3 4 5 6

>1 ATGCTAGCTACGTACGTACGTTTTTTTTT >2 ACGATCGACGATCGTACGTACGTACGATT >3 ATGCATGCTATACATCAGCTAATATCGCT

#!/usr/bin/perl 
use warnings;
use strict;

my ($fasta) = @ARGV;

open FASTA, $fasta or die "Can't open $fasta";
local $/ = ">";
while (<FASTA>) {
    s/\n//g;
    print qq{$_\n};
}
close $fasta;
$/ = "\n";

運行這段代碼，輸出結果如下：

1 2 3 4

> 1ATGCTAGCTACGTACGTACGTTTTTTTTT> 2ACGATCGACGATCGTACGTACGTACGATT> 3ATGCATGCTATACATCAGCTAATATCGCT

 

可以看出，$/的值出現在每行的最後；接下來使用chomp函數

#!/usr/bin/perl 
use warnings;
use strict;

my ($fasta) = @ARGV;

open FASTA, $fasta or die "Can't open $fasta";
local $/ = ">";
while (<FASTA>) {
    chomp;
    s/\n//g;
    print qq{$_\n};
}
close $fasta;
$/ = "\n";

輸出結果爲:

1 2 3

1ATGCTAGCTACGTACGTACGTTTTTTTTT 2ACGATCGACGATCGTACGTACGTACGATT 3ATGCATGCTATACATCAGCTAATATCGCT

第一行因爲是空行，這裏沒顯示出來；可以看到每行末尾的>符號被去除了，所以chomp的真正作用是去除字符串末尾的$/，只是因爲默認情況下，$/爲\n,造成chomp就是去除\n的假象；