centos下运行Gemini（单机&分布式）

centos下运行Gemini（单机&分布式）

单机运行Gemini就直接从GitHub上下载make一下就行，但是速度非常慢；

分布式环境要先装munge，再装slurm，才能执行下面的命令行（srun）

在node16和node18上运行Gemini：

以pagerank算法为例，参数分别为：
节点数 算法所在路径 数据集所在路径 数据集节点数 迭代次数
只用在控制节点上运行以下命令行，计算节点之前通过slurm的配置在运行时自动加入运行。

 srun -N2 ./toolkits/pagerank ./../data_sbb/amazon-2008.bin 735322 55

可能出现的报错

1）如果出现以下情况：

srun: job 151 queued and waiting for resources

可以尝试等待知道出现“分配资源”字样

srun: job 151 queued and waiting for resources
srun: job 151 has been allocated resources

或直接杀掉进程再重新执行srun：

squeue
scancel 151

2）如果出现以下报错：

srun: Required node not available (down, drained or reserved)

说明有的节点down掉了，按下述方式恢复：
(reason可以随便写，但是一定要写)

scontrol: update NodeName=node18 State=DOWN Reason="undraining"
scontrol: update NodeName=node18 State=RESUME
scontrol: show node node18
scontrol: exit
sinfo

现在仍未解决的问题：
1）有些节点莫名down掉，需要频繁手动resume很麻烦；
2）已经格式化掉的节点，slurm.conf和hosts里面也注释掉了，但是sinfo还是会显示