application/ – 存放應用程序的目錄，包括 MVC 系統、配置文件、服務以及引導程序（Bootstrap.php）
configs/ – 配置文件目錄。
application/modules – 多模塊目錄結果 例如admin(後臺前程), default(前臺),shop（商城）各個模塊下都有自己的controllers，modules，Views
controllers/models/views/ – 控制器/模型/視圖 目錄。
application/cache – 存放緩存等數據
application/helpers/ – 這個是存放“行動助手”（action helper）的目錄。這些助手類默認的命名空間是“Controller_Helper_”，如果是多模塊那麼命令空間將是“<Module>_Controller_Helper”。
Bootstrap.php – 這個是應用程序入口文件。這個類的主要工作是引導應用程序，註冊並初始化組件（component）。注意：不要在這個文件調用前置控制器（front controller）的 dispatch() 方法。
library/ – 存放類庫的目錄。第三方的類庫和自己寫的類庫放在這裏進行自動 加載 但要注意要用自己獨立的命名空間（建子目錄）。
public/ – 存放公開文件的目錄，也即網站的根目錄，存放可以被用戶訪問的文件，例如js、css和圖片等等。index.php 是應用程序的單入口，其主要工作是建立php環境，引用Bootstrap.php來初始化，並調用前置控制器的dispatch()方法來分發請求。
下面再列一下一些官方常見的目錄命名約定：
publichtdocs, www, public_html, inetpubimagesimgjsscripts, javascriptcssstylesdatavarscriptsbintemptmp, temporaryconfigetc, conflibrarylib