爲什麼我推薦ImageJ？
近日在丁香園的神經生物學版塊圖像分析軟件的選擇問題發了一帖，其中說明ImageJ的基本特點，但並不涉及實際操作。在此轉述其基本內容，希望能引起科學網的朋友們的關注，並請有興趣的朋友通過網絡和專業文章學習具體內容。
1. 陳述目的：“我要分析組化結果，要計數神經元，要分析熒光共聚焦圖片，要分析樹突長度和樹突棘……”
2. 提出問題：“請問諸位大俠用什麼軟件分析？”
3. 附加問題：“有大俠建議用Image-Pro Plus軟件分析（或者Scion Image，Neurolucida，Imaris等等），哪裏可以下載到最新版/免費版/破解版？”
我曾數次回覆這樣的帖子，但是對很多新朋友不去搜索論壇資源、對已有經驗置若罔聞，實在忍無可忍，因此特發此帖。
我認爲，ImageJ是一款非常優秀的免費圖像分析軟件，基本可以完成神經科學領域（以及其他一些生命科學領域）基本圖像分析的需要。當遇到圖像分析問題時，請考慮使用這款軟件。
我隨便列舉一些用途：
1. 免疫組織化學/原位雜交目的區域光密度分析。
2. 共聚焦圖像中兩種蛋白共定位的程度（相關係數計算）。
3. 免疫熒光圖像分析:計數興趣區大小、陽性點密度、數量，結構長度分析。
4. 高爾基染色的神經元或者共聚焦顯微圖像中表達EGFP等神經元突起（樹突、軸突）長度測量，Sholl分析，突觸棘計數。
5. 陽性細胞技術。
等等等等……
此軟件的優點是，免費（不用擔心知識產權問題），程序小，運行快，操作簡單，不斷有新的插件加入，非常適用於經費有限的實驗室以及初入門的神經科學研究生。有一點順便要提到，很多插件都是一些科學家/實驗室自主開發的，在撰寫論文時應注意對其發表的相關文章做出引用以表示對其付出的肯定與敬意。
當你掌握了ImageJ的基本原理之後，今後無論走到哪裏，都不會受軟件的限制。只要有網絡，你就能下到ImageJ，你就能去分析圖像。IPP等軟件當然專業，但其實和ImageJ分析的指標都差不多，操作起來反而複雜，因此對初學者來說不太實用。當然，我並不反對實用這類軟件，如果實驗室資金充足，那麼完全可以購買使用這些專業的軟件。
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