在NIOS II用命令來下載程序比GUI快很多，在GUI下載程序NIOS II還要重新編譯，要等好幾分鐘。我們可以直接敲入命令，下載快得多，玩過Linux的人一看就懂了。
在NIOS II工程名上點擊右鍵，選中NIOS II / NIOS II Command Shell進入命令系統，和Linux一樣的用
輸入Linux命令pwd，看看現在的路徑在哪裏
再輸入ls，看看裏面有幾個文件
一、測試JTAG是否連接好，輸入jtagconfig -n
顯示USB-Blaster已連接好，器件爲EP2C35，器件ID爲020B40DD，JTAG的接入點爲19104600
二、下載.sof(SRAM Object File)到FPGA的話，我們要進入Quartus II的工程文件，輸入兩次cd ..即可
再輸入nios2-configure-sof下載sof配置文件到FPGA
三、如果下載NIOS II程序的話，我們還得進入剛纔Quartus II工程文件裏面的software/first(NIOS II 軟件工程名)裏面
我們直接輸入cd software/first，再輸入nios2-download -g first.elf即可下載
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NIOS II Command shell 可以輸入<name of tool> --help查看幫助。
niosII IDE命令行工具：
nios2-create-system-library 創建一個新的系統庫項目
nios2-create-application-project 創建一個新的C/C++應用項目
nios2-build-project 創建或者更新makefile文件，並根據makefile文件編譯項目（只適用於由IDE自動創建和管理的makefile文件項目）
nios2-import-project 導入一個已經創建的NIOSII IDE項目到當前的workspace。
nios2-delete-project 將一個項目從nios II IDE的當前workspace移走，並選擇性的從文件系統中刪除相關文件。
nios2-download 將代碼下載到目標處理器以供調試和運行。
nios2-flash-programmer 將數據燒寫到目標板上的flash。
nios2-gdb-server 翻譯GNU調試器（GDB）遠程串行協議包並通過TCP傳輸給目標NIOS II處理器的JTAG模塊。
nios2-terminal 負責NIOSII IDE與目標處理器上的JTAG模塊之間的通信。
validate_zip 驗證指定的zip文件是否與read-only zip file system（P21）兼容。
nios2-debug 將程序下載到目標處理器並運行debugger。
nios2-console 打開FS2的命令接口並建立與NIOSII處理器之間的通信，如果爲其提供srec文件，那麼該文件會被下載到目標處理器。FS2是與NIOSII IDE綁定的一個第三方軟件調試工具，能提供強大的調試功能。
nios2-configure-sof 負責配置FPGA。如果沒有指定sof文件，它將自己在當前目錄或者ptf文件所在目錄搜索適合的sof文件。
文件傳換工具：
bin2flash 將binary文件轉換爲.flash文件，以提供Flash programmer（P13）使用。
elf2dat 將.elf可執行文件轉換爲適合於verilog HDL硬件模擬器的.dat文件。
elf2flash 將.elf可執行文件轉換爲.flash文件
elf2hex 將.elf可執行文件轉換爲intel的.hex文件格式。
elf2mem 將根據給定的.elf和.ptf文件生成給定的NIOSII系統上的存儲設備的內容文件。
elf2mif 將.elf可執行文件轉換爲Quartus II的存儲初始化文件.mif
flash2dat 將.flash文件轉換爲適合於Verilog HDL硬件模擬器的.dat文件。
mk-nios2-signaltap-mnemonic-table 將根據給定的.elf和.ptf文件生成供Altera-signaltapII邏輯分析器使用的包含NIOSII指令和符號的助記符表的.stp文件。
sof2flash 將FPGA配置文件.sof轉換爲.flash文件。
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