一.序列比较
3 种常见的DNA序列替换记分矩阵
- 等价矩阵（即核酸一样才得分）
- 转换-颠倒矩阵（ 嘌呤换嘌呤-----转换，嘌呤换嘧啶---------颠倒。前者发生较为常见）
- BLAST （两个核苷酸在比对时相同时得分为+5，反之为-4，此时比对效果较好）
3 种常见的蛋白质序列替换记分矩阵
- 等价矩阵
- PAM矩阵
- BLOSUM
- 上述PAM和BLOSUM比对使用方法
| BLOSUM-80 | BLOSUM-62 | BLOSUM-45 |
| PAM-1 | PAM-120 | PAM-250 |
|
亲缘关系较近的 序列之间的比对 |
亲缘关系远的 序列之间的比对 |
对于关系远的，由于PAM-250是推算的，BLOSUM-45更具有优势，关系近的，二者差别不大。但
最常用的是BLOSUM-62
- 遗传密码
- 输水矩阵
二.比较两个序列的方法：打点法、序列比对法
打点法在线软件
Dotlet,Dnadot,Dotter,Dottup