一.序列比較
3 種常見的DNA序列替換記分矩陣
- 等價矩陣（即核酸一樣才得分）
- 轉換-顛倒矩陣（ 嘌呤換嘌呤-----轉換，嘌呤換嘧啶---------顛倒。前者發生較爲常見）
- BLAST （兩個核苷酸在比對時相同時得分爲+5，反之爲-4，此時比對效果較好）
3 種常見的蛋白質序列替換記分矩陣
- 等價矩陣
- PAM矩陣
- BLOSUM
- 上述PAM和BLOSUM比對使用方法
| BLOSUM-80 | BLOSUM-62 | BLOSUM-45 |
| PAM-1 | PAM-120 | PAM-250 |
|
親緣關係較近的 序列之間的比對 |
親緣關係遠的 序列之間的比對 |
對於關係遠的，由於PAM-250是推算的，BLOSUM-45更具有優勢，關係近的，二者差別不大。但
最常用的是BLOSUM-62
- 遺傳密碼
- 輸水矩陣
二.比較兩個序列的方法：打點法、序列比對法
打點法在線軟件
Dotlet,Dnadot,Dotter,Dottup