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CPU體系結構的選定也決定了其他硬件的選擇。不同的CPU需要不同的主板，主板決定了所能選擇的存儲器和您要使用的插卡（plug-in card）.
1.CISC複雜指令集電腦—complex instruction set computer.
RISC精簡指令集電腦—reduced instruction set computer
許多流行的x86系列CPU用的是RISC/CISC混合技術設計的，但是在通常的桌面CPU體系結構中，Intel的x86傳統上是按CISC設計的。 Macinton機器上的PowerPC CPU，連同用在許多UNIX機器中的Alpha CPU是按RISC體系結構設計的。假如不是從事彙編語言程式設計的話，CISC/RISC的區別不是很重要。
2．x86
現在我們使用的桌面型電腦大部分用的是Intel發明的x86系列的CPU體系結構，縮寫i386有時用來指80386連同後來的Intel CPU。
Intel的x86 CPU一直很流行的，過去不少公司生產x86系列的克隆CPU，直到現在，更有AMD，VIA及Transmeta三家公司在繼續生產。x86 CPU（或確切的說是80386）是linux最初編寫的目標平臺。
x86硬件通常的運算速度不是很快，特別是浮點運算，假如您想用電腦做一些專門的應用，如科學計算，工程仿真，圖像着色之類的高性能任務時，那就不合適了。
3．Alpha
美國數字設備公司（Digital Equipment Corporation,DEC）研發了適合於在高性能的工作站和服務器上使用的Alpha CPU。後來康柏（Compaq）接管了Alpha CPU的生產線，現在Compaq已被HP收購。
假如您想用Linux做一些高性能的計算時，Alpha CPU無疑是個很好的選擇。現在的Alpha CPU比最快的x86 CPU還要快；更有Linux的Alpha 移植是很穩定的。
小紅帽（Red Hat）(
http://www.redhat.com/
)控制着適合Alpha CPU的Linux發佈，但我們還能夠發現其他一些適合Alpha CPU的發佈，如著名的Debian GNU/Linux(
http://www.debian.org/
).這兩種系統都是很穩定的。
4.SPARC
在Sun的工作站中，SPARC CPU很常見的，這些電腦有自己不同的UNIX版本（SunOS或Solaris）。Linux愛好者已移植Linux到這種體系結構上。
SPARC體系結構包括32位和64位的CPU，Linux可在其上運行。64位的CPU內部用兩倍的2進制位數來表示數字，這樣能夠提高大數的處理速度。SPARC處理器的速度是相當快的。使得SPARC的硬件成爲在對CPU需要高的應用場合具備良好的競爭力的硬件。
在
http://www.ultralinux.org/
上，您能夠學到更多的關於Ultralinux項目的介紹（該項目致力於適合SPARC CPU的Linux的發展）。和Debian相同，RedHat也發佈了一個適合於SPARC處理器的Linux版本。
5.PowerPC
PowerPC CPU是Apple,IBM,Motorola三家公司聯合研發的產品，這類CPU產品最初用在Macintosh電腦上，後來IBM和Motorola也把PowerPC用在自己的一些電腦上。
PowerPC用的是RISC體系結構。速度很快，特別是浮點運算方面。現在有好幾種版本在PowerPC電腦上是可用的：
Linux PPC (
http://www.linuxppc.com/
)
Yellow Dog Linux (
http://yellowdoglinux.com
)
Debian GNU/Linux (
http://www.debian.org
)
SUSE Linux (
http://www.suse.com
)
6.其他體系結構
前面主要介紹的是一些主要在臺式機上最流行的CPU，更有其他一些：
掌上型（Palmtop）CPU。Linux已移植到了幾個適合掌上型電腦所使用的CPU上，例如Psion電腦所使用的ARM CPU（
http://www.calcaria.net/
）;3COM PalmPilot(
http://www.uclinux.org/
)，這些移植版本有一些用在嵌入式設備上。
稀有的臺式機和工作站CPU。Linux也適合在680x0系列的CPU上運行（http://www.linux-m68k.org）,用在有些DEC工作站上的
MIPS CPU(
http://decstation.unix-ag.org/
)
現在我們在一些網站上，如
http://www.linux.org/projects/ports.html
上看到好多到Linux移植項目的鏈接。其實，PowerPC,SPARC或Alpha等工作站能爲您提供大量的計算能力。假如還想要一個功能特別強的 CPU的話，能夠研究一下Linux集羣（CLUSTER）。集羣就是通過高速的連網技術把好多Linux計算計連在一起，從而產生終極電腦級別的計算能力。有一組從事Beowulf項目就在做這方面的研究（
http://www.beowulf.org/
).