序列信息統計

序列信息統計

1.序列鹼基含量

seqkit fx2tab -l -g -n -i -H test.fa

#name	seq	qual	length	GC
ctg1			4636403	50.73
ctg2			9252	46.58
ctg3			6861	54.23
ctg4			5859	60.33
ctg5			4929	52.26

2.序列長度的整體分佈統計

seqkit stat test.fa

file           format  type  num_seqs    sum_len  min_len    avg_len    max_len
prefix.ctg.fa  FASTA   DNA          5  4,663,304    4,929  932,660.8  4,636,403