1.事务的支持
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MyISAM：强调的是性能，每次查询具有原子性，其执行数度比 InnoDB 类型更快，但是不提供事务支持。
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InnoDB：提供事务支持事务，外部键等高级数据库功能。具有事务 (commit)、回滚 (rollback) 和崩溃修复能力 (crash recovery capabilities) 的事务安全 (transaction-safe (ACID compliant)) 型表。
2.底层结构
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InnoDB 是聚集索引，使用 B+Tree 作为索引结构，数据文件是和（主键）索引绑在一起的（表数据文件本身就是按 B+Tree 组织的一个索引结构），必须要有主键，通过主键索引效率很高。但是辅助索引需要两次查询，先查询到主键，然后再通过主键查询到数据。因此，主键不应该过大，因为主键太大，其他索引也都会很大。
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MyISAM 是非聚集索引，也是使用 B+Tree 作为索引结构，索引和数据文件是分离的，索引保存的是数据文件的指针。主键索引和辅助索引是独立的。
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也就是说：InnoDB 的 B + 树主键索引的叶子节点就是数据文件，辅助索引的叶子节点是主键的值；而 MyISAM 的 B + 树主键索引和辅助索引的叶子节点都是数据文件的地址指针。
3.支持的锁级别
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MyISAM：只支持表级锁，用户在操作 MyISAM 表时，select，update，delete，insert 语句都会给表自动加锁，如果加锁以后的表满足 insert 并发的情况下，可以在表的尾部插入新的数据。
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InnoDB：支持事务和行级锁，是 innodb 的最大特色。行锁大幅度提高了多用户并发操作的新能。但是 InnoDB 的行锁，只是在 WHERE 的主键是有效的，非主键的 WHERE 都会锁全表的。
4.其他
- InnoDB 支持外键，而 MyISAM 不支持。
- Innodb 不支持全文索引，而 MyISAM 支持全文索引，在涉及全文索引领域的查询效率上 MyISAM 速度更快高；PS：5.7 以后的 InnoDB 支持全文索引了
5.应用场景
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MyISAM 适合查询以及插入为主的应用。如果你的应用程序对查询性能要求较高，就要使用 MyISAM 了。MyISAM 的性能更优，占用的存储空间少
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InnoDB 适合频繁修改以及涉及到安全性较高的应用。如果你的应用程序一定要使用事务，毫无疑问你要选择 INNODB 引擎。但要注意，INNODB 的行级锁是有条件的。在 where 条件没有使用主键时，照样会锁全表。比如 DELETE FROM mytable 这样的删除语句。
现在一般都是选用 innodb 了，主要是 MyISAM 的全表锁，读写串行问题，并发效率锁表，效率低，MyISAM 对于读写密集型应用一般是不会去选用的。
补充：
InnoDB 为什么推荐使用自增 ID 作为主键？
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聚簇索引的底层数据结构是B+数， B + 的内部结点并没有指向关键字具体信息的指针。因此其内部结点相对 B 树更小。如果把所有同一内部结点的关键字存放在同一盘块中，那么盘块所能容纳的关键字数量也越多。数据存放的更加紧密，具有更好的空间局部性。一次性读入内存中的需要查找的关键字也就越多。同理，自增主键也要比其他主键的内容更少，存放的内容当然也更多。因此访问叶子节点上关联的数据也具有更好的缓存命中率。相对来说 IO 读写次数也就降低了。
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自增 ID 可以保证每次插入时 B + 索引是从右边扩展的，可以避免 B + 树和频繁合并和分裂（对比使用 UUID）。如果使用字符串主键和随机主键，会使得数据随机插入，效率比较差。
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