pymatgen讀/寫各種文件

pymatgen讀/寫各種文件

 

pymatgen是材料大數據計算的必備程序包了，其也作爲API與materials project對接，可以批量下載自己想要的材料結構、性質，它也提供了大量VASP計算後的數據處理、計算，堪稱材料基因組學的神器！

 

pymatgen提供了讀取CIF、json、POSCAR、CONTCAR等文件的程序，可以批量讀取、轉化、另存。不過，作爲初學者，裏面很多功能是很難理解的，特別是對python語言不熟的同學。

 

1. pymatgen讀取json文件，轉化爲Structure對象，並保存爲CIF文件

from pymatgen import Structure, Lattice, MPRester, Molecule
import json
from pymatgen.io.cif import CifWriter


# 如果只有一個結構
#data_file = open("../db-1.json", "r")
#all_structures = data_file.readlines()
#structure = json.loads(all_structure)["structure"]
structure = Structure.from_dict(structure)
c = CifWriter(structure)
c.write_file("1.cif")


# 如果是一個結構數據庫，讀取後保存爲cif文件
data_file = open("db.json", "r")
all_structures = data_file.readlines()
i = 0
for structure in all_structures:
    structure = json.loads(structure)["structure"]
    structure = Structure.from_dict(structure)
    i = i + 1
    c = CifWriter(structure)
    c.