pymatgen读/写各种文件

pymatgen读/写各种文件

 

pymatgen是材料大数据计算的必备程序包了，其也作为API与materials project对接，可以批量下载自己想要的材料结构、性质，它也提供了大量VASP计算后的数据处理、计算，堪称材料基因组学的神器！

 

pymatgen提供了读取CIF、json、POSCAR、CONTCAR等文件的程序，可以批量读取、转化、另存。不过，作为初学者，里面很多功能是很难理解的，特别是对python语言不熟的同学。

 

1. pymatgen读取json文件，转化为Structure对象，并保存为CIF文件

from pymatgen import Structure, Lattice, MPRester, Molecule
import json
from pymatgen.io.cif import CifWriter


# 如果只有一个结构
#data_file = open("../db-1.json", "r")
#all_structures = data_file.readlines()
#structure = json.loads(all_structure)["structure"]
structure = Structure.from_dict(structure)
c = CifWriter(structure)
c.write_file("1.cif")


# 如果是一个结构数据库，读取后保存为cif文件
data_file = open("db.json", "r")
all_structures = data_file.readlines()
i = 0
for structure in all_structures:
    structure = json.loads(structure)["structure"]
    structure = Structure.from_dict(structure)
    i = i + 1
    c = CifWriter(structure)
    c.