Liquid/Solid Surface-02

Liquid/Solid Surface-02

建模參考的文獻：Liquid/Solid Surface-01

建模軟件：Moltemplate; Lammps;

輔助軟件：Python

可視化軟件：VMD, 相關命令參考VMD使用

源文件都上傳到倉庫的example裏面了，有需要的可以參考。

git clone https://github.com/YuanbaoQiang/LAMMPS_TOOLBOX.git

Liquid Modeling

Modeling in Moltemplate

力場參數：Liquid/Solid Surface-01中的SKS UA力場

聯合原子$CH_2$：ch2.lt

聯合原子$CH_3$：ch3.lt

力場文件： forcefield.lt，可參考2-bead polymer built by moltemplate_forcefield.lt（example file）

聚合物單鏈：polymer.lt

額外用到了Python:

polymer_bond.py #定義鍵

polymer_dis.py #定義原子位置

54條聚合物：system.lt

moltemplate.sh system.lt		#moltemplate運行命令

Relaxation in Lammps

文件：system.in, 弛豫過程參考moltemplate導出模型密度控制2.0，注意這次我的邊界條件是s s s

Wall Modeling

EAM file：Ni_u3.eam

in文件：in.wall

mpirun -np 6 lmp_mpi < in.wall		#運行命令

Hybrid Process

in文件：hybrid.in，書寫可以參考組合模型構建

Ni-Ni LJ Potential

$\epsilon/k_B=7658.54 \ K$	KaTeX parse error: Can't use function '\r' in math mode at position 1: \̲r̲ ̲A
$\epsilon=15.22 \ kcal/mol$	KaTeX parse error: Can't use function '\r' in math mode at position 1: \̲r̲ ̲A

Chirita, V., and B. A. Pailthorpe. “Molecular Dynamics Simulation of the Ni(001) Surface.” Thin Solid Films, vol. 208, no. 1, 1992, pp. 149–152.

Ni-UA Combining

Ni與聯合原子之間採用Lorentz-Berthelot原則，可以參考Combining rules

Relaxation Process

*.data From VMD

混合之後polymer和wall會有重疊， 拿vmd移動一下polymer，然後導出data文件。

導出文件：vmd.data

PE Relaxation Process

文件：relax01.in #讓PE在壁面及盒子邊界範圍內弛豫。

Applied Force on The Upper Wall

只有在這個過程我以及後續的滑移過程我會採用p p s邊界。

文件：relax02.in #以一定壓力進行下壓