源碼路徑
這裏要研究的是在工程中如何指定源程序代碼的路徑。假設在hello1目錄中，用戶不將hello.c直接放在測試目錄下，而是放在下一級子目錄src下。一般開源軟件的源碼都這麼設置。那麼應該如何處理呢？首先在hello1目錄下編輯configure.ac文件，內容如下：
AC_INIT(src/hello.c) AM_INIT_AUTOMAKE(hello, 0.1) AC_PROG_CC AC_OUTPUT(Makefile src/Makefile) |
其中第四行指定在執行configure腳本後的兩個輸出文件，即當前目錄下的Makefile和src目錄下的Makefile。
再編輯Makefile.am文件，內容如下：
SUBDIRS = src
它用來指定用戶的工程目錄中都包含哪些子目錄。目前用戶只有一個源程序目錄src，在以後的工程中用戶可以加入文檔目錄doc、測試目錄test等。
然後在src目錄中編輯Makefile.am文件，內容如下：
bin_PROGRAMS = hello hello_SOURCES = hello.c |
編輯完成，確認無誤後，在工程目錄中依次執行“aclocal”、“autoconf”和“automake --add-missing --foreign -copy”命令，至此用戶已經完成了此工程的創建。執行“./configure”來生成Makefile文件。最後執行“make”命令在src目錄中生成可執行文件hello。
多個輸出結果
如果源程序代碼有兩個C源文件在同一個目錄假定爲hello2裏面，並且輸出兩個可執行文件，那麼這種情況應該如何處理呢？
首先進入hello2子目錄，像上面的例子那樣，創建源代碼目錄src。在src目錄下編輯兩個C源程序hello.c和oh.c。下一步在目錄hello2中編輯configure.ac文件，內容如下：
AC_INIT(src/hello.c) AM_INIT_AUTOMAKE(hello, 0.2) AC_PROG_CC AC_OUTPUT(Makefile src/Makefile) |
與hello1工程中的configure.ac的內容相仿，不同的是這次的版本變了。
再編輯Makefile.am文件，這裏與hello1工程的一模一樣。需要指出的是src目錄下的Makefile.am文件要做出改動，內容如下：
bin_PROGRAMS = hello oh hello_SOURCES = hello.c oh_SOURCES = oh.c |
需要注意的是多個輸出結果在bin_PROGRAMS後指出就可以了。但每個可執行文件都要指定源代碼文件，hello對應的源代碼爲hello.c，oh對應的源代碼爲oh.c。
編輯完相關配置文件後，就可以依次執行“aclocal”、“autoconf”和“automake”了。
打包方式
用戶正常用的源程序代碼打包後，文件名的後綴是.tar.gz。這是最常用的打包方式。但它的壓縮率並不是最高的。壓縮率更好的壓縮方式是採用bz2格式。前提是保證用戶的系統安裝有bzip2壓縮工具。
將hello2工程的源碼複製到本工程目錄的src目錄下，在工程目錄中編輯Configure.ac文件，內容和hello2中的Configure.ac一樣。
在工程目錄中的Makefile.am文件內容如下：
AUTOMAKE_OPTIONS = dist-bzip2 SUBDIRS = src |
子目錄中的Makefile.am文件內容與上一工程中的完全相同。再執行“aclocal”等相關命令創建工程，接着在用“make”編譯完成後，可以用“make dist”來打包，最後會在工程目錄下出現兩個壓縮包hello-0.2.tar.gz和hello-0.2.tar.bz2。